MSPH 10 Af 45/2019-75

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Ing. Viery Horčicové a soudců JUDr. Jaromíra Klepše a JUDr. Vladimíra Gabriela Navrátila v právní věci žalobkyně: Metrostava.s. sídlem Koželužská 2450/4, Praha 8 zastoupena Mgr. Bc. Janem Spáčilem, LL.M., advokátem sídlem Italská 2581/67, Praha 2 proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství sídlem Masarykova 427/31, Brno v řízení o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 9. 7. 2019, č. j. 27981/19/5200-11433-706599, takto:

Rozhodnutí žalovaného ze dne 9. 7. 2019, č. j. 27981/19/5200-11433-706599, se zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni do třiceti dnů od právní moci tohoto rozsudku náhradu nákladů řízení ve výši 15 342 Kč k rukám Mgr. Bc. Jana Spáčila, LL.M., advokáta.

I. Předmět sporu

Napadeným rozhodnutím bylo zamítnuto odvolání žalobkyně proti platebnímu výměru Specializovaného finančního úřadu (dále jen „správce daně I. stupně“) ze dne 9. 3. 2018, č. j. 42814/18/4200-11772-507706 (dále jen „platební výměr“), kterým byla žalobkyni vyměřena daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2014. Správci daně dospěli k závěru, že žalobkyně nesplňovala zákonné podmínky pro odpočet od základu daně na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4 a 5 zákonač. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění do 31. 12. 2013 (dále jen „zákon o daních z příjmů“); jak bude vyloženo níže, žalovaný nesprávně zčásti aplikoval právní úpravu účinnou od 1. 1. 2014, v relevantní části se však jednalo o úpravu obsahově totožnou), a to ve vztahu k následujícím třem projektům: (i) Vývoj technologie výměny kotlů (dále jen „projekt Prunéřov“), (ii) Vývoj technologických postupů výstavby obytného komplexu nad stropní deskou dopravního tunelu (dále jen „projekt Komplex SC“) a (iii) Vývoj technologických postupů rozšíření ocelového mostu s ortotropní mostovkou (dále jen „projekt Most G-R“).

Ve vztahu k projektu Prunéřov došli správci daně k závěru, že žalobce porušil § 34c odst. 2 zákona o daních z příjmu, jelikož řešení výzkumu a vývoje bylo zahájeno před schválením daného projektu. Ve vztahu k projektu Komplex SC došli správci daně k závěru, že žalobce porušil § 34b odst. 1 písm. a) a c) zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce údajně neprokázal (s výjimkou technologie převracení hlavních vazníků), že by vykonával činnosti výzkumu a vývoje podle § 2 odst. 1 písm. a) až c) zák. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, v relevantním znění (dále jen „zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací“). Ve vztahu k projektu Most G-R pak správci daně došli k závěru, že žalobce porušil jak § 34c odst. 2 zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce zahájil řešení výzkumu a vývoje před schválením daného projektu, tak § 34b odst. 1 písm. a) a c) zákona o daních z příjmu, jelikož žalobce údajně neprokázal (s výjimkou technického řešení rozšíření mostovky pomocí konzol s trubkovými vzpěrami), že by vykonával činnosti výzkumu a vývoje podle § 2 odst. 1 písm. a) až c) zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací.

II. Napadené rozhodnutí

Žalovaný v odůvodnění napadeného rozhodnutí nejprve stručně zrekapituloval dosavadní průběh řízení. Správce daně I. stupně vydal platební výměr na základě výsledků daňové kontroly, kterou zahájil poté, co žalobkyně podala daňové přiznání k dani z příjmů právnických za zdaňovací období roku 2014. Jelikož správce daně po provedené kontrole dospěl k závěru, že žalobkyně za zdaňovací období roku 2014 uplatnila nárok na odpočet na podporu vědy a výzkumu ve výši, která jí nenáležela, platebním výměrem žalobkyni daň z příjmu právnických osob doměřil.

Následně žalovaný shrnul odvolací důvody (námitky) žalobkyně, přičemž konstatoval, že žalovaná polemizuje se závěry správce daně I. stupně jak v otázce naplnění formálních znaků projektů (naplnění obsahových náležitostí jednotlivých projektů vědy a výzkumu), tak v otázce naplnění materiálních znaků (existence ocenitelných prvků novosti a výzkumné nebo technické nejistoty jednotlivých projektů vědy a výzkumu). Jako první odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně založil své závěry na údajném nesplnění formálních znaků projektů výzkumu a vývoje, přičemž dle tvrzení správce daně I. stupně materiální znaky projektů jím nebyly hodnoceny, avšak značná část rozsáhlé zprávy o kontrole se nepochybně zabývá posuzováním materiálních znaků těchto projektů. Jako druhý odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně posoudil nesprávně otázku předčasného zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, neboť ji hodnotil pouze po formální stránce, ačkoliv má její posouzení nepochybně i materiální aspekty, a proto dospěl k nesprávnému závěru o předčasném zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje. Jako třetí odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně nesprávně posoudil i okamžik ukončení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, tedy odstranění výzkumné nejistoty, který rovněž nelze dovodit pouze z nepřímých a formálních znaků projektu, ale musí být posouzen materiálně. Jako čtvrtý odvolací důvod žalovaný označil námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně formalisticky, a tudíž nesprávně posoudil obsah a rozsah činností spadajících pod vymezení cílů projektů výzkumu a vývoje, které nemohou z povahy věci zahrnovat podrobné položkové výčty jednotlivých činností. Jako pátý odvolací důvod označil žalovaný námitku žalobkyně, že správce daně I. stupně učinil nesprávné závěry o rozsahu a průkaznosti evidence odpracované doby uplatňované žalobkyní v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Dále žalovaný uvedl, že v následném doplnění odvolání žalobkyně poukázala na závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017 - 44 a rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 19. 9. 2018, č. j. 52 Af 18/2016 - 181 týkající se otázky zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, které dle názoru žalobkyně měly být žalovaným respektovány i této věci, a že v tomto doplnění žalobkyně namítala nezákonnost napadeného rozhodnutí z důvodu podjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které se podílely na provádění daňové kontroly a vydání platebního výměru.

Žalovaný poté v odůvodnění napadeného rozhodnutí vymezil právní základ posuzované věci, konstatoval, že správce daně I. stupně prokázal ve smyslu § 92 odst. 5 daňového řádu existenci skutečností vyvracejících věrohodnost žalobkyní předložených důkazních prostředků a že závěry správce daně I. stupně jsou logické a jsou postaveny na skutečnostech z předložených důkazních prostředků vyplývajících a zabýval se jednotlivými odvolacími námitkami žalobkyně. Dále žalovaný konstatoval, že žalobkyně uplatnila v odvolání obdobné námitky, které již vznesla ve vyjádření k výsledku kontrolního zjištění a na které proto již reagoval správce daně I. stupně ve zprávě o daňové kontrole a vyjádřil se v obecné rovině k jednotlivým odvolacím důvodům. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně hodnotil projekty výzkumu a vývoje pouze po formální stránce žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně hodnotil příslušné projekty jak po stránce formální (z pohledu splnění zákonných náležitostí), tak i po stránce materiální (odborné), což vyplývá ze vzájemné komunikace mezi správcem daně I. stupně a žalobkyní, z protokolů o ústních jednáních a i ze samotné zprávy o kontrole. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně posoudil nesprávně otázku předčasného zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně k otázce zahájení projektů Prunéřov a Most G-R, u nichž dospěl k závěru, že jejich řešení bylo zahájeno ještě před samotným schválením cílů těchto projektů, nepřistupoval pouze formálně, ale z průběhu daňové kontroly je zřejmé, že správce daně I. stupně vyvinul maximální úsilí, aby zjistil skutečný stav věci, neboť se jednalo o klíčovou podmínku pro uplatnění odpočtu, a to u každého projektu zvlášť. Za správnost a vypovídací hodnotu předložených důkazních prostředků však nese odpovědnost pouze žalobkyně. Pokud tedy žalobkyně předložila správci daně I. stupně určité důkazní prostředky, u nichž uvedla, že dokládají přímou a bezprostřední souvislost s činnostmi, které považuje za činnosti spojené s výzkumem a vývojem, nemůže následně správci daně I. stupně vytýkat, že je nesprávně vyhodnotil, pokud z obsahu těchto důkazních prostředků shledal, že byly vyhotoveny nebo zachycují skutečnosti nastalé ještě přede dnem schválení příslušného projektu výzkumu a vývoje. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně nesprávně posoudil i okamžik ukončení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně v průběhu daňové kontroly důsledně ověřoval, kdy byly jednotlivé v projektech deklarované činnosti zahájeny a ukončeny, a to podle jejich věcné povahy a v přímé a bezprostřední souvislosti s definovanými cíli konkrétního projektu. Správce daně I. stupně tedy v každém posuzovaném případě učinil nejen formální, ale i materiální posouzení ukončení řešení každého projektu výzkumu a vývoje. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně formalisticky, a tudíž nesprávně posoudil obsah a rozsah činností spadajících pod vymezení cílů projektů výzkumu a vývoje, žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně nevytýkal žalobkyni, že by v dokumentaci projektů výzkumu a vývoje nevyjmenovala všechny činnosti, které měly tvořit podstatu řešení daného cíle projektu, ani že by správce daně I. stupně odmítl uznat výdaje na některé činnosti jen proto, že nejsou uvedeny výslovně ve výčtu činností v příslušném dokumentu projektu. Pokud správce daně I. stupně odmítl uznat v rámci odpočtu výdaje na některé činnosti pak proto, že žalobkyně nebyla schopna ozřejmit jejich bezprostřední souvislost s cílem daného projektu a jednalo se tak o činnosti mimo rámec daného projektu. K námitce žalobkyně, že správce daně I. stupně učinil nesprávné závěry o rozsahu a průkaznosti evidence odpracované doby uplatňované žalobkyní v rámci odpočtu na podporu výzkumu a vývoje žalovaný uvedl, že pokud správce daně I. stupně měl pochybnosti o faktickém zapojení členů vývojového týmu a skutečném časovému rozsahu jimi údajně vykonaných činností u jednotlivých projektů, žalobkyni předestřel, v čem spočívají jeho pochybnosti o průkaznosti evidence pracovní doby, kterou mu žalobkyně předložila. V řadě případů pak předložená elektronická komunikace nebo malá četnost záznamů o vykonaných pracích na řešení konkrétních cílů daného projektu a je v kontrastu se značnou délkou trvání určitého projektu. Proto správce daně I. stupně pochyboval o tom, že se v deklarovaném rozsahu členové týmu podíleli na řešení technické jeho technické stránky.

Dále se žalovaný v napadeném rozhodnutí zabýval námitkou, že se správce daně I. stupně vyjadřoval k materiální stránce znaků projektů výzkumu a vývoje, aniž by k tomu disponoval potřebnými znalostmi. Žalovaný uvedl, že správce daně I. stupně jasně formuloval své požadavky na předložení důkazních prostředků prokazujících provádění činností výzkumu a vývoje, technické stránky podstaty řešení a existence ocenitelného prvku novosti. Správce daně I. stupně názorně deklaroval, že je schopen posoudit základní teze výkresové dokumentace a rovněž je schopen porozumět popisu podstaty řešení, který mu byl ze strany žalobkyně předložen. Správce daně I. stupně na základě kontrolních zjištění konkrétní dokumentaci, jejímiž zhotoviteli byli externí specialisté, identifikoval prostou organizační činnost zaměstnanců žalobkyně bez jejich participace na deklarovaném technickém řešení projektu nesoucím prvek významné technické nejistoty, a to s výjimkou technologie demontáže a montáže kotlů v případě projektu Prunéřov, technického řešení rozšíření mostovky trubkovými konzolami v případě projektu Most G-R a návrhu technologického postupu převracení hlavních vazníků v případě projektu Komplex SC. Tím, že se žalobkyně dovolávala znaleckého posouzení činností výzkumu a vývoje, se zjevně snažila přenést rozhodovací pravomoc do působnosti znalce, ačkoliv k tomu nebyl, vzhledem k tomu, že správce daně I. stupně disponoval potřebnými znalostmi, dán žádný důvod.

Následně se žalovaný v napadeném rozhodnutí zabýval námitkou žalobkyně, že vzhledem k tomu, že neexistuje taxativní výčet činností, jejichž zahájení by zároveň znamenalo zahájení řešení, je nutné vycházet z materiálních znaků definujících tyto činnosti a je pak povinností správce daně podřadit skutkové okolnosti zjištěné znalcem nebo jinou způsobilou osobou pod neurčitý právní pojem zahájení řešení projektů. K této námitce žalobkyně žalovaný uvedl, že vzhledem k rozmanitosti jednotlivých oborů nelze taxativní výčet všech činností, které je možno považovat za činnosti výzkumu a vývoje, resp. stanovit, které z těchto činností jsou znakem zahájení řešení projektu. Určující okolností je, co bylo deklarováno jako cíl konkrétního projektu, a od toho se také odvíjí, jaká činnosti je úvodní činností určující počátek zahájení řešení projektu. Je proto na daňovém subjektu, aby v písemném dokumentu projektu výzkumu a vývoje precizoval jak samotný cíl, kterého má být dosaženo, tak dostatečně jasně a srozumitelně popsal s tímto cílem přímo spojené činnosti a nastínil jejich časový harmonogram, aby bylo možno vyhodnotit a odlišit činnosti, které mají prokázat novost řešení, od běžných činností inovativního charakteru.

Žalovaný dále v napadeném rozhodnutí zrekapituloval podstatné skutečnosti, které vedly správce daně I. stupně k závěru o předčasnosti zahájení projektu Prunéřov a projektu Most G-R neprokázání výdajů vynaložených na výzkum a vývoj v případě projektu Komplex SC.

K odkazu žalobkyně na závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017 - 44 a rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 19. 9. 2018, č. j. 52 Af 18/2016 - 181 žalovaný s odkazem na konkrétní judikaturu správních soudů uvedl, že se se závěrem uvedeným v rozsudku Krajského soudu v Hradci Královéč. j. 52 Af 18/2016 - 181 neztotožňuje, neboť jej považuje za ojedinělý názor, který není v souladu s dosavadní judikaturou. Přijetí závěru prezentovaného v tomto rozsudku, že do odpočtu lze zahrnout náklady na výzkum a vývoj od okamžiku schválení projektu bez zohlednění tohoto, že projekt výzkumu a vývoje má být vypracován před jeho zahájením, by znamenalo popření základního zákonného požadavku stanoveného pro uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj, kterým je existence projektu výzkumu a vývoje osahujícího veškeré požadované náležitosti ještě před zahájením jeho řešení.

K namítané podjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které se podílely na provádění daňové kontroly a vydání platebního výměru, žalovaný uvedl, že pokud je daň tvrzena v nesprávné výši, je v zásadě povinností správce daně stanovit daň ve správné výši, bez ohledu na to, zda byla úředním osobám přislíbena jakákoliv cílová odměna. V samotné skutečnosti, že úřední osoba stanovila daň vyšší, než jaká byla nesprávně tvrzena, proto nelze spatřovat její podjatost. Příslib odměn, které nejsou vázány na výsledek konkrétního řízení, tudíž nemá sám o sobě vliv na zákonnost daňového řízení a rozhodnutí o stanovení daně.

V závěru napadeného rozhodnutí žalovaný uvedl, že po přezkoumání spisového materiálu dospěl k závěru, že z důvodu formálních nedostatků popsaných v napadeném rozhodnutí provázejících projekty žalobkyně a taktéž z důvodu nedostatků ve vedení oddělené evidence výdajů a prokázání jejich jednoznačné vazby na činnost vývoje a výzkumu nesplňují projekty Prunéřov, Most G-R a Komplex SC podmínky stanovené v zákoně o daních z příjmů a nelze tak u nich mít za prokázaný nárok žalobkyně na odpočet. Žalovaný se proto ztotožnil s postupem správce daně I. stupně a posoudil odpočet žalobkyně na vývoj a výzkum uplatněný v řádném daňovém přiznání za zdaňovací období roku 2014 jako neoprávněný, neboť žalobkyně jeho oprávněnost neprokázala.

III. Žaloba

Žalobkyně považuje napadené rozhodnutí za nezákonné a vycházející z nesprávného skutkového i právního posouzení věci.

V úvodu žaloby žalobkyně zrekapitulovala průběh řízení před správci daně. Dále žalobkyně uvedla, že hlavním předmětem sporu mezi žalobkyní a žalovaným je skutečnost, zda žalobkyně splnila formální náležitosti stanovené v zákoně o daních z příjmů pro projekty výzkumu a vývoje a podmínku oddělené evidence nákladů u projektů Prunéřov, Komplex CS a Most G-R. Žalovaný v napadeném rozhodnutí dospěl k závěru, že žalobkyní předložené projekty vývoje a výzkumu nesplňují formální náležitosti stanovené zákonem a předložená oddělené evidence nákladů není průkazná.

V případě projektu Prunéřov a projektu Most G-R přetrvává mezi žalobkyní a žalovaným spor o to, kdy došlo k zahájení řešení těchto projektů, a zda činnosti předcházející datu schválení projektu Prunéřov a Most G-R zahrnovaly konečné vyřešení některých z deklarovaných cílů projektu, respektive zda již před schválením jednotlivých projektů skutečně došlo k naplnění cílů projektů, jak tvrdí žalovaný. V případě projektu Komplex CS je mezi žalobkyní a žalovaným sporné, zda po datu zhotovení ocelové příhradové prostorové konstrukce byla prováděna výzkumně-vývojová činnost a zda činnosti prováděné po tomto datu vedou ke zpochybnění celého uplatněného odpočtu za tento projekt. Zároveň zůstává mezi žalobkyní a žalovaným sporné, zda žalobkyně v případě projektu Komplex SC předložila v souladu s požadavky zákona o daních z příjmů průkaznou evidenci nákladů vynaložených v souvislosti s tímto projektem.

Žalobkyně dále uvedla, že žalovaný v napadeném rozhodnutí tvrdil, že se nebylo třeba zabývat věcnými požadavky na projekty na podporu výzkumu a vývoje stanovenými zákonem o dani z příjmů (zda se skutečně jednalo o výzkum a vývoj), protože správce daně I. stupně konstatoval, že nebyly splněny formální požadavky projektu na podporu výzkumu a vývoje a dále podle správce daně I. stupně nebyla splněna podmínka řádně vedené oddělené evidence výdajů na výzkum a vývoj. Avšak jak žalovaný, tak i správce daně I. stupně v rámci posouzení splnění formálních náležitostí projektu (především okamžiku zahájení řešení jednotlivých projektů) posuzovali vysoce odborné a výzkumně-vývojové činnosti žalobkyně, k čemuž nedisponují požadovanou kvalifikací a odbornými znalostmi. Žalobkyně je proto přesvědčena, že pouze na základě svých laických úvah došli k opačnému závěru než odborně způsobilý znalecký ústav. Ten u všech projektů dospěl k závěru, že činnosti prováděné v rámci těchto projektů vykazují znaky výzkumu a vývoje.

Žalobkyně dále uvedla, že podle jejího názoru jsou závěry žalovaného v napadeném rozhodnutí založeny na nepochopení činnosti žalobkyně, podstaty řešených projektů výzkumu a vývoje a jejich zařazení v rámci činnosti žalobkyně. Projekty výzkumu a vývoje v podmínkách žalobkyně spočívaly ve využití stávajících poznatků k nalezení nových postupů v rámci realizace komplexních stavebních děl. Některé poznatky tak žalobkyně využívala již před zahájením řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje, avšak až v rámci těchto projektů rozpracovala tyto poznatky na vyšší úroveň umožňující nové stavební postupy. Projekty výzkumu a vývoje kontrolované správcem daně I. stupně v daňové kontrole se týkaly pouze vybraných etap řešených v rámci pečlivě vybraných stavebních děl, u kterých bylo v určité fázi zřejmé, že svou technickou náročností významně přesahují dosavadní stav poznání a zkušeností žalobkyně. Výzkumně-vývojové činnosti, které byly předmětem projektů, představovaly pouze malou část prací, které byly součástí velkých a komplexních stavebních děl. Je tedy logické, že jak před zahájením řešení projektů, tak i po jejich ukončení, probíhaly činnosti související s realizací stavebních děl, které nicméně nespadaly do rozsahu a nebyly cílem projektů výzkumu a vývoje. Činnosti předcházející projektům nespadaly do rozsahu projektů výzkumu a vývoje, ale umožnily žalobkyni dosáhnout určitého stupně poznání, na nějž žalobkyně projekty výzkumu a vývoje navázala a dále jej rozvinula, čímž posunula stupeň poznání na vyšší úroveň. Činnosti prováděné žalobkyní po ukončení projektů výzkumu a vývoje zase umožnily žalobkyni ověření dosažení určitého stupně poznání v aplikační praxi. V případě všech projektů výzkumu a vývoje byly přitom uplatňovány pouze náklady vzniklé v souvislosti s činnostmi realizovanými až po datu schválení projektu. Znalecký ústav zároveň potvrdil, že činnosti prováděné v rámci realizace projektů výzkumu a vývoje vykazují znaky ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Podle názoru žalobkyně proto nelze v žádném případě konstatovat, že projekty výzkumu a vývoje byly vypracovány zpětně či že předmět těchto projektů byl realizován již před datem jejich vypracování. Naopak, projekty výzkumu a vývoje reagovaly na konkrétní potřebu vývoje nových technologických postupů vzniklou při realizaci konkrétních stavebních děl.

Dále žalobkyně zdůraznila, že z rozsudku Krajského soudu v Hradci Královéč. j. 52 Af 18/2016 - 181 vyplývá závěr, že momentem zahájení řešení projektu výzkumu a vývoje je okamžik, kdy oprávněná osoba schválila písemný dokument projektu před jeho řešením a že krajský soud v tomto rozsudku konstatoval, že „je tak na daňovém subjektu, které činnosti provede před samotným schválením projektu VaV a tudíž před jeho samotným zahájením dle daňových zákonů, nicméně náklady na tyto činnosti provedené před samotným schválením projektu VaV nesmí daňový subjekt uplatnit při odečtu nákladu od základu daně, čímž sám sobě způsobuje určité ekonomické znevýhodnění“. Stejně tak podle žalobkyně žalovaný v napadeném rozhodnutí potvrdil, že je právem a nikoliv povinností daňových subjektů uplatňovat veškeré náklady na spojené činnostmi výzkumu a vývoje jako daňové odpočty.

Z toho podle názoru žalobkyně vyplývá, že žalobkyně byla oprávněna vypracovat projekt výzkumu a vývoje pouze na vybranou část stavebních děl, která sama o sobě naplňovala znaky výzkumu a vývoje. Žalovaný pak měl při posouzení zahájení řešení projektů výzkumu a vývoje primárně vycházet z data podpisu písemného dokumentu projektů výzkumu a vývoje, neboť pokud žalobkyně perspektivně vymezila činnosti zahrnuté v projektu výzkumu a vývoje, tyto činnosti samy o sobě obsahují ocenitelný prvek novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty a tyto činnosti jsou vykonávány a související náklady vznikají po datu vyhotovení písemného dokumentu projektu výzkumu a vývoje, pak není nutné zkoumat, jaké činnosti byly vykonávány před datem vypracování projektu, protože na tyto činnosti se projekt výzkumu a vývoje dle zákona o daních z příjmů vůbec nevztahuje, a pro naplnění podmínek odpočtu na podporu výzkumu a vývoje jsou tedy irelevantní. Správce daně naopak musí po formální stránce posoudit, zda náklady uplatněné po datu vypracování projektu výzkumu a vývoje souvisejí s činnostmi vymezenými v tomto projektu výzkumu a vývoje, a zda tyto činnosti byly provedeny po datu jeho vypracování. Zároveň správce daně musí po materiální stránce posoudit, zda tyto činnosti obsahovaly ocenitelný prvek novosti a technickou nejistotu. K tomu je však nutné vycházet z odborného posouzení k tomu odborně způsobilých osob. V tomto případě však žalovaný takto nepostupoval a aproboval závěr správce daně I. stupně vycházející z jeho subjektivního hodnocení, že cíle vymezené v projektu výzkumu a vývoje byly údajně částečně realizovány již před datem písemného projektu výzkumu a vývoje. K tomuto závěru přitom žalovaný i správce daně I. stupně došli na základě svého laického hodnocení, a to i přesto, že žalobkyně předložila znalecký posudek potvrzující, že činnosti vymezené v projektech jsou svým charakterem výzkumně-vývojové, a že uplatňoval pouze náklady vzniklé po datu vyhotovení projektu výzkumu a vývoje.

Dále žalobkyně žalobě podrobně popsala, v čem konkrétně považuje za nesprávné závěry žalovaného a správce daně I. stupně o zahájení řešení projektů Prunéřov a Most G-R před vypracováním písemného projektu. V případě projektu Prunéřov podle názoru žalobkyně samotná skutečnost, že k zahájení demontáže kotlů došlo ke konci roku 2012, neznamená, že projekt výzkumu a vývoje byl vypracován zpětně. Podstatné je, jaký k demontáži žalobkyně zvolila technologický postup a jaký byl stav vědění žalobkyně před zahájením projektu. Žalobkyně skutečně zahájila s využitím jí tehdy známých postupů demontáž kotlů, v jejím průběhu však došlo k havárii, která vyústila v přehodnocení vnímání technické nejistoty. Ukázalo se, že k úspěšnému dokončení výměny kotlů bude třeba vyvinout nový technologický postup. Vývoj tohoto nového technologického postupu byl přitom zahájen právě na základě projektu výzkumu a vývoje až v roce 2013. V rámci realizace projektu výzkumu a vývoje pak byla za využití nových postupů úspěšně dokončena demontáž starých kotlů, montáž nových kotlů a proběhlo ověření funkčnosti celého postupu, ke kterému docházelo až do konce roku 2014. Tím bylo dosaženo cíle projektu výzkumu a vývoje, tedy vývoje nového technologického postupu výměny kotlů. V žádném případě však nelze konstatovat, že nový technologický postup výměny kotlů byl využit již před vypracováním projektu výzkumu a vývoje, jak tvrdí žalovaný. V případě projektu Most G-R pak podle názoru žalobkyně žalovaný a správce daně I. stupně navíc nesprávně vyhodnotili i podstatu projektu. Na začátku realizace takovéhoto typu stavebního díla existuje vždy zadávací dokumentace obsahující prvotní návrhy konstrukčního řešení. Tyto návrhy však pak v konkrétních podmínkách mohou narážet na celou řadu technických problémů, a je tudíž navržená řešení nutné ověřovat a vyvíjet nové technologické postupy, které umožní realizaci stavebního díla. Stejně tak tomu bylo v případě mostu G-R, kdy bylo nutné dopracovat a ověřit správnost navrženého konstrukčního řešení a v rámci toho vyvinout nové technologické postupy tak, jak bylo definováno v cílech projektu. Potřeba tohoto vývoje přitom vyvstala právě až v návaznosti na prvotní návrhy. Nebylo tedy ani možné projekt vypracovat dříve. Dílčí schválení výkresů přitom neznamená, že ve zvoleném konstrukčním řešení nebude docházet k dalším změnám a že tyto změny nebudou vyžadovat vývoj nových technologických postupů. Z dokumentace předložené žalobkyní správci daně I. stupně přitom jasně vyplývá, že k dopracovávání, ověřování a finálnímu výběru konstrukčního řešení docházelo až v roce 2014.

Stejných pochybení jako v případě posuzování zahájení řešení jednotlivých projektů výzkumu a vývoje se podle přesvědčení žalobkyně žalovaný dopustil i při posuzování okamžiku jejich ukončení, neboť otázku ukončení řešení projektů výzkumu a vývoje hodnotil čistě formalisticky a na základě vlastního subjektivního úsudku. Místo toho však měl po materiální stránce ověřit, zda žalobkyní do projektů výzkumu a vývoje zahrnuté činnosti, u kterých uplatňoval náklady jako odčitatelné položky od základu daně, obsahují ocenitelný prvek novosti a dochází při nich k odstraňování technické nejistoty.

Žalobkyně rovněž namítla, že správce daně I. stupně neměl dostatečnou odbornou způsobilost k posouzení materiálních aspektů jednotlivých projektů výzkumu a vývoje. Pokud měl správce daně I. stupně jakékoliv pochybnosti o technické podstatě či rozsahu jednotlivých projektů, měl proto poté, co žalobkyně v řízení předložila znalecký posudek hodnotící materiální znaky projektů výzkumu a vývoje k odstranění těchto pochybností provést výslech znalců, kteří znalecký posudek zpracovali. Správce daně I. stupně rovněž postupoval v rozporu s § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu, neboť neustanovil pro posouzení odborných otázek souvisejících s posuzovanými projekty výzkumu a vývoje znalce, posuzoval tyto otázky sám, aniž během daňové kontroly bylo doloženo, že by úřední osoby správce daně I. stupně disponují takovou podrobnou znalostí o aktuálním stavu vědění v relevantních technických oborech a o úrovni dosaženého pokroku, aby samy dokázaly posoudit, zda konkrétní činnosti v rámci jednotlivých projektů výzkumu a vývoje vedou k dosažení jeho cíle, jímž je posouvání hranic dosažených znalostí a dovednosti tedy, zda obsahují ocenitelný prvek novosti. Podle názoru žalobkyně proto správce daně I. stupně nebyl kvalifikován k posuzování materiálních znaků projektů výzkumu a vývoje na základě vlastního subjektivního hodnocení.

V závěru žaloby žalobkyně namítla, že žalovaný nesprávně posoudil průkaznost evidence odpracovaných hodin strávených řešením projektu Komplex SC. Žalovaný pouze aproboval postup správce daně I. stupně, který své pochybnosti o průkaznosti žalobkyní předložené evidence řádně nedoložil a jeho závěry tak nelze považovat za více než nesprávné spekulace. Správce daně I. stupně totiž zpochybnil množství odvedené práce jen na základě rozsahu jím vyžádané a žalobkyní předložené e-mailové komunikace a projektové dokumentace. Smyslem projektů výzkumu a vývoje je ale dosažení pokroku v řešené problematice, nikoli vytváření e-mailů a samoúčelných výkresů. Jedinou relevantní metrikou tak v případě průkaznosti evidence odpracované doby může být poměr mezi vykázanou prací a dosaženým výsledkem. Avšak taková otázka je předmětem odborného posuzování, neboť laik v daném oboru nedovede řádně posoudit, kolik času je nutné vynaložit na dosažení určitého výsledku. Navíc, v případě žalobkyně byly činnosti prováděné v rámci projektu výzkumu a vývoje sepsány v rámci předloženého znaleckého posudku, takže nemůže být pochyb o tom, jaké činnosti byly prováděny. Žalovaný naopak žádné relevantní posouzení této otázky znalcem nepředložil, a nedostál tak své povinnosti vyplývající z § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu prokázat skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí.

IV. Vyjádření žalovaného a replika žalobkyně

Žalovaný ve vyjádření k žalobě navrhl žalobu zamítnout. Jelikož se žalobní námitky do značné míry shodují s námitkami, které byly obsaženy v odvolání žalobkyně, a žalovaný se s nimi vypořádal v napadeném rozhodnutí, odkázal žalovaný ve svém vyjádření především na příslušné části odůvodnění napadeného rozhodnutí a zprávy o daňové kontrole.

V úvodu svého vyjádření žalovaný předeslal, že striktní vyžadování splnění veškerých zákonných náležitostí uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj nelze vykládat jako projev přehnaného formalismu či upřednostnění fiskálního zájmu státu, ale jde především o komplexní odsouhlasení naplnění veškerých podmínek osvědčujících, zda konkrétnímu subjektu oproti ostatním bude či nebude v jím tvrzené výši uznána konkrétní daňová výhoda, zde v podobě odpočtu na výzkum a vývoj. Pokud tedy správce daně I. stupně z důvodu předčasného zahájení řešení vývojových cílů projektů výzkumu a vývoje, respektive z důvodu neprůkaznosti oddělené evidence nákladů na projekt vynaložených na projekt, konstatoval porušení zákonných podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje bylo dále hodnocení technické stránky těchto projektů zcela nadbytečné.

V případě projektu Prunéřov i projektu Most G-R setrval žalovaný na svém závěru, že činnosti na řešení deklarovaného cíle obou projektů byly zahájeny před datem jejich schválení a nebyla tak splněna formální podmínka prospektivnosti projektu Prunéřov a projektu Most G-R. Pokud správce daně I. stupně z důvodu nesplnění formální podmínky prospektivnosti těchto projektů neuznal žalobkyni zahrnutí výdajů spojených s tímto projektem do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje a upustil od návrhů žalobkyně na pokračování v dalším dokazování za účelem posouzení klíčových otázek stran existence ocenitelného prvku novosti, postupoval v souladu se zákonem, neboť dalším dokazováním by nemohl být výsledek kontrolního zjištění změněn.

Rovněž v případě projektu Komplex SC setrval žalovaný na svém závěru, že žalobkyně v důsledku nevedení dostatečně průkazné oddělené evidence nákladů na projekty výzkumu a vývoje neunesla důkazní břemeno a neprokázala, že tyto náklady skutečně vynaložila na tento projekt a neodstranil pochybnosti správce daně I. stupně, že po datu zhotovení ocelové příhradové prostorové konstrukce byla prováděna běžná stavební činnost, a že žalobkyní uplatněné osobní náklady neodlišují dobu, kterou řešitelé skutečně strávili na řešení cílů projektu a při výkonu svého běžného pracovního zařazení. Jestliže tedy správce daně I. stupně neuznal průkaznost evidence osobních nákladů zejména po datu zdvižení hlavních vazníků, coby unikátního technického řešení a technologického postupu, je takový postup nutno souladný nejen se zákonem, ale i s ustálenou judikaturou Nejvyššího správního soudu. Za nedůvodnou proto žalovaný považoval i námitku neunesení důkazního břemene správcem daně ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu.

K námitce nedostatečné odbornosti úředních osob správce daně I. stupně žalovaný uvedl, že tento názor žalobkyně nesdílí. Správce daně I. stupně jasně formuloval požadavky na předložení důkazních prostředků prokazujících provádění činností výzkumu a vývoje, technickou stránku podstaty řešení projektů výzkumu a vývoje a existenci ocenitelného prvku novosti, přičemž názorně deklaroval, že je schopen posoudit základní teze výkresové dokumentace a porozumět popisu podstaty řešení, které mu byly postupně ze strany žalobkyně předkládány. Správce daně poukázal na existenci metod navrhování, zkoušení či ověřování materiálových či konstrukčních řešení v příslušných technických normách, a zejména zdůraznil skutečnosti, že autory předložených technických dokumentů byly osoby odlišné od členů týmu řešitelů, kdy v řadě případů byla tato dokumentace vypracována před datem schválení projektů výzkumu a vývoje. Podle žalovaného nemohlo dojít ani k porušení § 95 odst. 1 daňového řádu, neboť vzhledem ke konstatovanému nesplnění formálních požadavků projektů výzkumu a vývoje (jejich náležitostí ve smyslu příslušných ustanovení zákona o daních z příjmů) a nesplnění podmínky řádně vedené oddělené evidence výdajů na projekty výzkumu a vývoje se již nebylo třeba zabývat dalšími otázkami a provádět další dokazování za účelem zjišťování naplnění materiálních (věcné) stránky jednotlivých projektů výzkumu a vývoje a případně vypracovávat znalecký posudek v návaznosti na důkazní prostředky předložené žalobkyní.

Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného zopakovala své žalobní námitky a dále namítla, že napadené rozhodnutí, resp. platební výměr správce daně I. stupně je zatíženo závažnou procesní vadou řízení, neboť existují ve smyslu § 77 odst. 1 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o nepodjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které prováděly daňovou kontrolu a vydaly platební výměr, který byl napadeným rozhodnutím potvrzen. Tyto pochybnosti vnikly žalobkyni na základě dokumentu Generálního finančního ředitelství ze dne 19. 2. 2016 nazvaného „Podmínky pro příslib cílové odměny, příslib cílové odměny“, který byl adresován všem finančním úřadům včetně správce daně I. stupně. Na základě tohoto dokumentu byla přislíbená cílová odměna zaměstnancům, kteří se budou podílet na ověření uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje podle zákona o dani z příjmu, a to v řízeních zahájených v období od 29. 2. 2016 do 31. 12. 2018 nebo zahájených před 29. 2. 2016, avšak do tohoto termínu neukončených Přiznání cílové odměny podle tohoto dokumentu bylo přislíbeno za podmínky, že částka snížení uplatněného odpočtu bude rovna nebo vyšší než 2,5 mil. Kč, a to ve výši 40 % z celkové částky po vydání rozhodnutí podle § 101 odst. 2 daňového řádu a ve výši 60 % po nabytí právní moci rozhodnutí. Do rozsahu těchto cílových odměn tedy jednoznačně spadal i případ žalobkyně, a lze se proto důvodně domnívat, že úřední osoby správce daně I. stupně, které se podílely na vydání dodatečného platebního výměru, tuto odměnu obdržely, resp. byly vedeny možností jejího získání. Tento závěr vyplývá podle názoru žalobkyně i z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018 - 113, v němž měl ve vztahu k příslibu cílové odměny Nejvyšší správní soud dospět k závěru, že jakmile jsou úřední osoby jakkoliv zainteresovány na jiném než správném výsledku daňové kontroly (v projednávaném případě finančně zainteresováni na doměření daně), lze oprávněně pochybovat o jejich nepodjatosti.

V. Obsah správního spisu

Ze správních spisů městský soud zjistil následující skutečnosti podstatné pro rozhodnutí ve věci.

Dne 29. 6. 2015 podala žalobkyně řádné daňové přiznání za rok 2014. V tomto daňovém přiznání žalobkyně uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje.

Dne 24. 7. 2015 zahájil správce daně u žalobkyně daňovou kontrolu, o čemž byl vyhotoven protokol ze dne 24. 7. 2015, č. j. 168351/15/4200-11772-202268. Předmětem daňové kontroly bylo mimo jiné ověření oprávněnosti odpočtu na podporu výzkumu a vývoje uplatněného žalobkyní.

Dne 7. 8. 2015 doručila žalobkyně správci daně I. stupně dokumentaci projektů výzkumu a vývoje, v souvislost s jejichž realizací za zdaňovací období roku 2014 uplatnila nárok na odpočet. Jednalo se o projekty „Alternativní řešení stavby tunelu Ejpovice“, projekt Prunéřov, projekt Most G-R a projekt Komplex SC

Výzvou k prokázání skutečností ze dne 31. 5. 2017, č. j. 93845/17/4200-11772/107671 vyzval správce daně I. stupně žalobkyni, aby v případě projekt Prunéřov, projekt Most G-R a projekt Komplex SC prokázala, a) co bylo podstatou vlastního řešení daného projektu, které konkrétní činnosti naplňují obsah pojmů zakotvených v § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje, v čem spočívá ojedinělost tohoto řešení, resp. že se jedná o řešení dosud nepoužité či zcela neznámé, b) v čem konkrétně spočívala technická nejistota na počátku projektu a v jakém okamžiku byla tato nejistota navrženým řešením překonána, c) kdy, kde a jakým způsobem se jednotliví členové projektového týmu účastnili činnosti, které lze podřadit pod § 2 odst. 1 zákona o podpoře výzkumu a vývoje, d) že se v případě deklarovaných výzkumných činností jedná o zcela nové nebo dosud neaplikované řešení. V případě projektu Prunéřov byla žalobkyně dále vyzvána, aby prokázal, že ve výzvě uvedené činnosti nebyly zahájeny již v období, které předcházelo schválení projektu oprávněnou osobou.

Žalobkyně na výzvu správce daně I. stupně reagovala podáním doručeným správci daně I. stupně dne 13. 7. 2017, v němž uplatnila námitky proti postupu správce daně, v nichž zejména uváděla, že důkazní břemeno v řízení zůstává na straně správce daně I. stupně, avšak správce daně I. stupně požaduje po žalované prokázání naplnění neurčitých právních pojmů „ocenitelný prvek novosti“ a „technická nejistota“, což vyžaduje posouzení skutečností technického charakteru a vymezení těchto neurčitých právních pojmů v tomto konkrétním případě. Správce daně I. stupně však není oprávněn skutečnosti technického charakteru posuzovat sám, ale je, jak vyplývá z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 24/2014 - 119 za účelem jejich posouzení přibrat znalce z příslušného oboru. Dále žalobkyně označila důkazní prostředky na podporu svých tvrzení (mezi nimi i znalecký posudekč. 381-2015 vypracovaný znaleckým ústavem Deloitte Advisorys. r. o. (dále jen „znalecký posudekč. 381-2015“)).

Dne 1. 11. 2017 byla žalobkyně seznámena s výsledky kontrolního zjištění, o čemž byl vyhotoven protokol o ústním jednáníč. j. 176378/17/4200-11772-208789. K výsledku kontrolního zjištění se žalobkyně vyjádřila v podání doručeném správci daně I. stupně dne 10. 12. 2017. V tomto podání žalobkyně opět mimo jiné namítala, že správce daně I. stupně odmítl závěry uvedené v žalobkyní předloženém znaleckém posudkuč. 381-2015, aniž by nejprve vyslechl znalce, kteří tento znalecký posudek vypracovali, a následně nechal případně pro odstranění rozporu vypracovat znalecký posudek revizní. Dále žalobkyně uplatnila námitku podjatosti úředních osob, které se podílely na daňové kontrole. Na základě vyjádření žalobkyně správce daně I. stupně výsledky kontrolního zjištění nezměnil a námitce podjatosti ve vztahu k žádné z úředních osob nevyhověl. Správce daně I. stupně následně vyhotovil zprávu o daňové kontroleč. j. 39190/18/4200-11772-208789 (dále jen „zpráva o daňové kontrole“), s jejímž obsahem byla žalobkyně seznámena dne 9. 3. 2018, o čemž byl vyhotoven protokol o ústním jednáníč. j. 39454/18/4200-11772-208789.

Dne 9. 3. 2018 byl vydán platební výměr, který byl žalobkyni doručen dne 16. 3. 2018. Proti platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, které žalovaný napadeným rozhodnutím zamítl a platební výměr potvrdil.

VI. d. Projekt Komplex SC

V případě projektu Komplex SC není předmětem sporu mezi žalobkyní a žalovaným otázka faktického zahájení projektu. Byť se na první pohled jeví, že předmětem sporu je především průkaznost záznamů o době, kterou jednotliví zaměstnanci žalobkyně strávili prací na tomto projektu a že ve vztahu k projektu Komplex SC je napadené rozhodnutí vystavěno především na závěru, že žalobkyně nevedla dostatečně konkrétní záznamy o činnosti jejích zaměstnanců, kteří se měli na projektu podílet, a neprokázala tudíž, že mzdové náklady související s prací těchto zaměstnanců byly vynaloženy na projekt výzkumu a vývoje, při bližším zkoumání je však zřejmé, že primární spor se nevede o způsob evidence odpracovaného času zaměstnanců, nýbrž o samotné posouzení, které činnosti lze materiálně považovat za natolik inovativní, aby byly zařaditelné do projektu výzkumu a vývoje. Právě posouzení této otázky je klíčové pro následný závěr, kolik času na činnostech, které souvisejí skutečně s projektem výzkumu a vývoje, zaměstnanci žalobkyně strávili a zda žalobkyně takto strávený čas průkazným způsobem evidovala a prokázala tak, že mzdové náklady těchto zaměstnanců skutečně vynaložila v souvislosti s projektem výzkumu a vývoje.

Cíl projektu Komplex SC byl definován jako: „návrh a vývoj technologických postupů výstavby obytného komplexu nad stropní deskou dopravního tunelu“ a v rámci naplnění tohoto cíle mělo dojít k „návrhu a ověření nového technického a technologického řešení spočívajících v překlenutí stropní desky tunelu pomocí dvou ocelových mostů, u kterých je základní myšlenkou, že každý z nich bude složen ze dvou hlavních nosníků propojených příčnými nosníky, a s využitím prostorové příhradové konstrukce. Na této konstrukci bude poté vybudována železobetonová nosná konstrukce obytného komplexu.“

Řešení projektu Komplex SC mělo probíhat v následujících vývojových fázích: „Analýza současného stavu dopravního tunelu, zejména s ohledem na jeho únosnost, analýza geologického podloží a studium sávajících odborných poznatků z oblasti přemostění tunelů.

Návrh variantního řešení technologických postupů (Návrh varianty s využitím speciálního strojního zařízení, Návrh varianty s využitím podpůrné příhradové konstrukce).

Vyhodnocení variantního řešení, zejména s ohledem na stávající únosnost dopravního tunelu a možnosti jeho poškození.

Návrh a vývoj technologického postupu přemostění dopravního tunelu pomocí ocelových mostů a prostorové příhradové konstrukce (Návrh a vývoj postupu pro zpevnění podloží pod ocelové nosníky, Návrh a vývoj řešení příhradové ocelové konstrukce tak, aby tvořila zároveň prostor pro minimálně tři podlaží obytného komplexu - Stanovení požadovaných parametrů dvou hlavních příhradových nosníků, aby byla umožněna jejich vyrobitelnost a manipulace s ohledem na velké rozměry a hmotnost, - Návrh geometrie příčných vazníků v závislosti na jejich umístění v konstrukci a vlivu maximálního zatížení s využitím metody konečných prcků pro simulaci napětí a případných deformací, - Návrh a vývoj technologického postupu zpevnění stropních konstrukcí v ocelové konstrukci, zejména pomocí trnů se stropnicemi pro dosažení požadovaných statických požadavků). Přípravné a terénní práce. Realizační fáze.

Experimentální ověření dosažených parametrů, zejména s využitím monitoringu průhybů nosníků při zatížení, statického měření hodnot dopravního tunelu a jejich vyhodnocení.“

Ocenitelným prvkem novosti v projektu Komplex SC mělo být zejména: „Nové technologické postupy výstavby obytného komplexu nad stropní deskou dopravního tunelu. Nový technologický postup zpevnění stropních konstrukcí v ocelové příhradové konstrukci. Ověření vyvinutých technologických postupů pomocí 3D, matematických a statických modelů.“

Rozhodné žalobní tvrzení k tomuto žalobnímu bodu by se dalo shrnout tak, že žalobkyně namítala, že správci daně hodnotili použité technologické postupy, aniž by pro toto své hodnocení měli k dispozici patřičné odborné podklady (body 7.17 až 7.19, 8.12, 8.23 žaloby). Cílem projektu Komplex SC bylo, zjednodušeně řečeno, vyvinout technologický postup, který umožní výstavbu obytného komplexu nacházejícího se nad stropní deskou Strahovského tunelu.

Žalobkyně k prokázání svých tvrzení ohledně novosti postupů zařazených do tohoto projektu navrhla a sama předložila znalecký posudekč. 381-2015, z něhož vyplývalo, že postupy, na jejichž vyvinutí žalobkyně vynaložila náklady projektu výzkumu a vývoje, byly dostatečně odlišné od běžných činností inovačního charakteru, které nezahrnují ocenitelný prvek novosti. Výzkumná a vývojová činnost byla ve znaleckém posudkuč. 381-2015 v případě projektu Komplex SC vymezena jako „Vývoj nových technologických postupů přemostění dopravního tunelu pomocí ocelových mostů a prostorové příhradové konstrukce zahrnující: Vývoj návrhu montáže příhradové konstrukce. Vývoj návrhu převracení hlavních vazníků s ohledem na sledované parametry“.

Správce daně I. stupně však znalecký posudekč. 381-2015 nepovažoval za přesvědčivý a s jeho závěry ve zprávě o daňové kontrole rozsáhle polemizoval (str. 35 až 38). Správce daně I. stupně akceptoval, že podstatnou inovaci představoval postup „převracení hlavních vazníků“ (str. 38 zprávy o daňové kontrole), ale všechny ostatní postupy, které žalobkyně zahrnula do daného projektu výzkumu a vývoje, označil za běžné a nepřinášející nic nového. Ohledně znaleckého posudku předloženého žalobkyní správce daně I. stupně opakovaně uvedl, že nebyl opřen o dostatečné podklady a že jeho závěry byly příliš obecné.

Správce daně I. stupně bez jakéhokoliv odborného podkladu činil závěry ohledně složitých technických otázek, které s odborným zaměřením finanční správy nijak nesouvisejí. Názorným příkladem takového postupu je následující pasáž ze str. 37 zprávy o daňové kontrole: „Podstata technologického postupu spočívá ve zhotovení skeletu prostorové příhradové konstrukce vkládáním příčných vazeb směrem od středu ven, kdy se k hlavním vazníkům připevňují svary nebo šrouby jednotlivé ztužující prvky. Podle správce daně se však nejedná o činnosti, které by překračovaly meze běžně používaných způsobů montáže [ocelové konstrukce]. Ačkoli není z dokumentace patrné, proč by se mělo jednat o postup natolik odlišný od běžné stavební výroby [ocelové konstrukce], pokusil se správce daně některé skutečnosti dovodit.“ Následuje úvaha, v níž se správce daně I. stupně zabývá problematikou stavební výroby ocelových konstrukcí a závaznosti příslušných technických norem, na jejímž základě správce daně I. stupně uzavřel, že postup zhotovení ocelové konstrukce (její svařování a šroubování) ani postup její montáže nelze v případě projektu Komplex SC považovat za činnost výzkumu a vývoje, jelikož se jedná o běžné technologické postupy.

Podle názoru soudu je zcela nepochybné, že hodnocení inovativnosti technologií použitých při výstavbě nad tubusem silničního tunelu vyžaduje vysokou odbornost, neboť se jedná o netypické a po stránce technologické jedinečné stavební dílo. Soud je přesvědčen, že takovou odborností správce daně I. stupně sám o sobě nedisponuje, neboť oblast stavebnictví nespadá do jeho kompetencí a ze správního spisu rozhodně nevyplývá, že by správce daně I. stupně disponoval zaměstnanci, jejichž odbornost by byla na takové úrovni, aby otázky týkající se technických stránek projektu Komplex SC byly schopni kvalifikovaně posoudit a učinit závěry o jejich případné novosti. Za doklad potřebné úrovně odbornosti správce daně I. stupně rozhodně nelze považovat pouhé ničím nepodložené tvrzení, že „oblast svařování je správci daně poměrně dobře známa“ (str. 37 zprávy o daňové kontrole) nebo, že „zná okolnosti, za jakých probíhá příprava a realizace stavebních zakázek (optikou stavebních předpisů nevyjímaje)“, „správce daně má dostatečné technické znalosti, aby mohl posoudit předkládané důkazní prostředky“ a „pokud tedy odborností vládne, pak má přímo sám věc posoudit“ (str. 33 zprávy o daňové kontrole, která se sice týká projektu Prunéřov, avšak na dalších stranách zprávy (např. str. 47 týkající se projektu Komplex SC) se na dostatek vlastní odbornosti správce daně I. stupně opakovaně odkazuje).

Správce daně I. stupně měl proto v řízení postupovat tak, že poté, co se neztotožnil se závěry vyplývajícími ze znaleckého posudkuč. 381-2015 týkajícími se rozsahu výzkumné a vývojové činnosti realizované žalobkyní v rámci projektu Komplex SC měl sám ustanovit znalce postupem podle § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu a následně na základě výsledků znaleckého zkoumání buď přistoupit k hodnocení jednotlivých technických stránek projektu Komplex SC, pokud by oba znalecké posudky nebyly v rozporu, nebo se postupem podle § 95 odst. 4 daňového řádu pokusit jejich rozpory odstranit a pokud by tímto postupem k odstranění rozporů nedošlo, nařídit zpracování revizního znaleckého posudku.

V podstatě stejným způsobem však měl správce daně I. stupně postupovat, pokud by dostatečnou odborností disponoval, nebo pokud byl o této skutečnosti alespoň přesvědčen. Jeho zaměstnanci měli zpracovat vlastní odborné vyjádření, kterým by obdobně, jako to činil správce daně I. stupně ve zprávě o daňové kontrole, závěry znaleckého posudkuč. 381-2015 vyvraceli. Následně měl správce daně I. stupně pro odstranění rozporů mezi znaleckým posudkem předloženým žalobkyní a vlastním odborným vyjádřením provést další dokazování, tedy nejprve nařídit výslech znalců, kteří znalecký posudekč. 381-2015 vypracovali, a konfrontovat je se závěry vlastního odborného vyjádření a pokud by tento postup nevedl k odstranění rozporů, měl nařídit správce daně I. stupně zpracování revizního znaleckého posudku a teprve poté přistoupit k hodnocení technických otázek zásadních pro stanovení rozsahu výzkumných a vývojových činností realizovaných v rámci projektu Komplex SC.

Správce daně I. stupně tímto způsobem nepostupoval a správnost žalobkyní předloženého znaleckého posudkuč. 381-2015 tak nebyla v daňovém řízení vyvrácena, a nebyly proto vyvráceny ani skutečnosti, které žalobkyně prostřednictvím tohoto znaleckého posudku prokazovala. Správce daně I. stupně však přesto, aniž by splnil svou povinnost vyplývající z § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu a nejprve odpovídajícím postupem závěry znaleckého posudkuč. 381-2015, jehož prostřednictvím žalobkyně prokazovala, že v případě projektu Komplex SC realizovala jí tvrzený rozsah výzkumných a vývojových činností a že jí tedy vznikl nárok na odpočet daně v jí tvrzené výši, vyvrátil, sám přistoupil k hodnocení složitých technických otázek a na základě tohoto svého hodnocení dospěl k závěru, že skutečný rozsah výzkumných a vývojových činností byl menší, než tvrzený žalobkyní.

Jestliže za tohoto stavu věci správce daně I. stupně následně v řízení vydal platební výměr, byl tento platební výměr vydán za situace, kdy v řízení dosud nebylo spolehlivě zjištěno, jaký rozsah výzkumných a vývojových činností žalobkyně v rámci projektu vykonala, což je rozhodující skutečnost pro správné zjištění daňové povinnosti žalobkyně. Teprve v případě, že je postaveno najisto, jaký byl skutečný rozsah této činnosti tedy řádně zjištěn základ tvrzeného nároku, je možno zjišťovat, jaké náklady, včetně mzdových žalobkyně na tyto činnosti vynaložila, tedy oprávněnost tvrzené výše nároku na odpočet.

Správce daně I. stupně však při posuzování složitých technických otázek ani jedním z uvedených způsobů nepostupoval a v důsledku porušení povinností, které mu v daňovém řízení vyplývají z § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu a z § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu vydal platební výměr, aniž by nejprve řádně zjistil rozhodnout skutečnost pro stanovení daně, ačkoliv tak podle § 92 odst. 2 daňového řádu učit měl, což znamená, že rozhodnutí vydané správcem daně I. stupně je nezákonné.

Správce daně I. stupně tímto postupem podstatně porušil ustanovení daňového řádu, kterými je v řízení vázán (§ 95 odst. 1 písm. a) a odst. 4, § 92 odst. 2 a odst. 5 písm. c) daňového řádu), čímž zatížil své rozhodnutí vadou spočívající v porušení procesních předpisů, které mělo za následek nedostatek skutkových zjištění ohledně otázky, jaký rozsah výzkumných a vývojových činností žalobkyně v rámci projektu Komplex SC vykonala. Jelikož žalovaný tyto vady v odvolacím řízení neodstranil a postup správce daně I. stupně napadeným rozhodnutím potvrdil, je z tohoto důvodu vadné rovněž napadené rozhodnutí.

Soud zároveň považuje závěry správce daně I. stupně uvedené ve správě o daňové kontrole týkající se rozsahu výzkumných a vývojových činností realizovaných žalobkyní v rámci projektu Komplex SC nepřezkoumatelné pro nesrozumitelnost.

Správce daně I. stupně odmítl, že by v případě projektu Komplex SC byl ocenitelný prvek novosti a prvek odstraňování technické nejistoty přítomen v jiných činnostech a postupech než v těch, které se týkaly technologie převracení hlavních vazníků. V případě návrhu, montáže a posuzování příhradové ocelové konstrukce se přitom správce daně, kromě částí zprávy o daňové kontrole, kde se zabýval posuzováním technických otázek, v podstatě omezil pouze na konstatování, že žalobkyně na základě vlastních zkušeností získaných během projektu Prunéřov prokázala, že specifickou činnost spočívající navrhování a posuzování ocelové příhradové konstrukce, jež měla být využita pro přemostění Strahovského tunelu, úspěšně zvládla (str. 36 zprávy o daňové kontrole) a že se tedy v případě projektu Komplex SC nejednalo o odhalování nových a dosud nepoznaných jevů ale o využití již dříve aplikovaných postupů a řešení (str. 40 a 43 zprávy o daňové kontrole). Z těchto konstatování správce daně I. stupně však není zřejmé, na základě čeho správce daně I. stupně tuto úvahu učinil a jak k tomuto závěru správce daně I. stupně dospěl, neboť o konkrétních souvislostech činností a postupů při navrhování a posuzování ocelových konstrukcí, které žalobkyně prováděla v rámci projektu Prunéřov a v rámci projektu Komplex SC se ve zprávě o daňové kontrole správce daně I. stupně vůbec nezmiňuje. Ze zprávy o daňové kontrole tak nelze zjistit, zda, jak a proč znalosti a zkušenosti získané v oblasti navrhování a posuzování ocelových konstrukcí v rámci projektu Prunéřov, který byl realizován dříve, bylo možno využít při řešení otázek návrhu a posuzování ocelové konstrukce v rámci později realizovaného projektu Komplex SC. Účel obou konstrukcí a jejich využití v rámci obou projektů byly přitom s ohledem na jejich charakter (demontáž a montáž kotlů v elektrárně a výstavba obytného komplexu) značně odlišné.

Z tohoto důvodu jsou proto závěry správce daně I. stupně uvedené ve správě o daňové kontrole týkající se projektu Komplex SC rovněž nepřezkoumatelné pro nesrozumitelnost, neboť není zřejmé, na základě jakých skutkových důvodů správce daně I. založil svou úvahu, že specifickou činnost spočívající navrhování a posuzování ocelové příhradové konstrukce, jež měla být využita pro přemostění Strahovského tunelu, žalobkyně úspěšně zvládla ještě před zahájením projektu Komplex SC a že se tedy v případě projektu Komplex SC nejednalo při návrhu a posuzování ocelové konstrukce o odhalování nových a dosud nepoznaných jevů, ale o využití již dříve aplikovaných postupů a řešení.

Jelikož žalovaný napadeným rozhodnutím tuto vadu odůvodnění platebního výměru správce daně I. stupně neodstranil, neboť se na tuto část zprávy o daňové kontrole v napadeném rozhodnutí pouze odkazoval (viz bod 89 a násl.), zatížil vadou nesrozumitelnosti i napadené rozhodnutí.

Za těchto okolností se soud již nezabýval otázkou, zda evidence pracovní doby předložená žalobkyní správci daně I. stupně byla z hlediska vykázané doby, kterou jednotliví zaměstnanci žalobkyně strávili prací na tomto projektu dostatečně průkazná, neboť dokud nebude v daňovém řízen postaveno najisto, které části projektu Komplex SC lze považovat za součást projektu výzkumu a vývoje, bylo by takové hodnocení předložených evidencí předčasné a zavádějící.

VI e. Námitka možné podjatosti úředních osob

Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného namítla, že v daném případě existují ve smyslu § 77 odst. 1 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o nepodjatosti úředních osob správce daně I. stupně, které prováděly daňovou kontrolu a vydaly platební výměr, který byl napadeným rozhodnutím potvrzen. Tyto pochybnosti vznikly žalobkyni na základě toho, že v průběhu daňové kontroly byl vydán dokument Generálního finančního ředitelství ze dne 19. 2. 2016 nazvaný „Podmínky pro příslib cílové odměny, příslib cílové odměny“, který byl adresován i správci daně I. stupně. Prostřednictvím tohoto dokumentu byla zaměstnancům podílejícím se na ověřování uplatněných odpočtů na výzkum a vývoj přislíbena cílová odměna, pokud dosáhnou v tomto dokumentu uvedených cílů v podobě snížení uplatněných odpočtů. Tento závěr dle názoru žalobkyně vyplývá i z rozsudku Nejvyššího správního souduč. j. 1 Afs 363/2018 - 113.

K této námitce žalobkyně soud uvádí, že žalobkyně tuto námitku uplatnila až v replice k vyjádření žalovaného, tedy po lhůtě pro podání žaloby a neuvedla žádné konkrétní skutečnosti svědčící o podjatosti jednotlivých úředních osob správce daně účastnících se na daňovém řízení, aby bylo možno jejich případnou podjatost přezkoumat.

VII. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

Z výše uvedených důvodů soud napadené rozhodnutí zrušil podle § 76 odst. 1 písm. a), b), c) s. ř. s., tedy pro nepřezkoumatelnost a nedostatek skutkových zjištění, který byl způsoben porušením procesních předpisů upravujících dokazování v daňovém řízení, týkající se závěrů žalovaného ohledně projektu Komplex SC. Ve vztahu k projektu Prunéřov a k projektu

Most G-R soud žádnou vadu, ke které by musel přihlédnout z úřední povinnosti, neshledal a rovněž neshledal ve vztahu k těmto projektům důvodnými uplatněné žalobní námitky. Soud také podle § 78 odst. 4 s. ř. s. věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. Podle § 78 odst. 5 s. ř. s. je žalovaný v pokračujícím řízení právním názorem vysloveným v tomto rozsudku vázán.

Podle § 60 odst. 1 s. ř. s. má právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů ten účastník, který byl v řízení úspěšný, jímž je v nyní projednávané věci žalobkyně, jejíž náklady tvoří zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč a dále odměna advokáta za tři úkony právní služby podle § 11 odst. 1 písm. a), d) vyhlášky Ministerstva spravedlnostič. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), tedy převzetí právního zastoupení, podání žaloby a repliky k vyjádření žalovaného. Podle § 7 bodu 5 ve spojení s § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu, činí výše odměny za jeden úkon právní služby 3 100 Kč (3 x 3 100 Kč = 9 300). Náhrada hotových výdajů pak dle § 13 odst. 3 advokátního tarifu tvoří 300 Kč za každý úkon (3 x 300 Kč = 900 Kč). Odměna advokáta tak činí 10 200 Kč a DPH ve výši 21 %, celkem tedy 12 342 Kč. Spolu se soudním poplatkem tedy žalobkyni na náhradě nákladů řízení náleží 15 342 Kč.

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno, a to v tolika vyhotoveních (podává-li se v listinné podobě), aby jedno zůstalo soudu a každý účastník dostal jeden stejnopis. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

V Praze dne 26. srpna 2021 ⟪LB:lb_001⟫ JUDr. Ing. Viera Horčicováv. r. ⟪LB:lb_002⟫ předsedkyně senátu Shodu s prvopisem potvrzuje I. S.