MSPH 5 A 93/2024-63

Městský soud v Praze rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Mgr. Gabriely Bašné a soudců Mgr. Kateřiny Kozákové a Mgr. Ondřeje Hrabce ve věci žalobkyně: Výkrm Tagrea, s. r. o., IČO: 21602463 sídlem Karlov 196, Kutná Hora zastoupena advokátkou JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph. D. sídlem Jungmannova 745/24, 110 00 Praha 1 – Nové Město proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství sídlem Těšnov 65/17, 110 00 Praha 1 o žalobě proti rozhodnutí ministra žalovaného ze dne 25. 12. 2024, č. j. MZE-51674/2024-11155, takto:

Žaloba se zamítá.

Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.

Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení.

I. Základ sporu

V posuzované věci je spor o to, zda žalovaný postupoval v souladu se zákonem, když v přezkumném řízení zrušil veřejnoprávní smlouvu o poskytnutí dotace (dále též „Dohoda“) uzavřenou dne 28. 8. 2018 mezi Státním zemědělským a intervenčním fondem (dále jen „SZIF“ nebo „Fond“) a žalobkyní, jejíž jedinou akcionářkou je společnost AGROFERT, a.s., IČO 26185610 (dále jen „Agrofert“), pro její rozpor s § 4c zákonač. 159/2006 Sb., o střetu zájmů, ve znění účinném do 31. 12. 2023 (dále jen „zákon o střetu zájmů“) a s čl. 61 Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU, Euratom) 2018/1046 ze dne 18. července 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie (dále jen „Finanční nařízení“).

Jediným akcionářem společnosti Agrofert byl do 3. 2. 2017 Ing. A. B., jenž byl v době uzavření Dohody předsedou vlády České republiky, a tedy veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Dne 3. 2. 2017 A. B. vložil 628 kmenových akcií společnosti Agrofert, s nimiž je spojen 100% podíl na hlasovacích právech a základním kapitálu společnosti, (jakož i společnosti SynBiol, a.s., IČO: 260 14 343), do svěřenských fondů: 565 akcií do svěřenského fondu AB private trust I, spravovaného svěřenským správcem Ing. Z. P., a zbývajících 63 akcií do svěřenského fondu AB private trust II, spravovaného svěřenským správcem JUDr. A. B.

Žalobkyně požádala dne 28. 10. 2017 Fond o dotaci na projekt „Modernizace farem pro drůbež“ z Programu rozvoje venkova České republiky na období 2014 – 2020. Dne 28. 8. 2018 uzavřel Fond s žalobkyní Dohodu, tj. veřejnoprávní smlouvu o poskytnutí dotace ve výši 1 995 537 Kč, která měla být financována částečně národními zdroji ČR a částečně příspěvkem Evropské unie. Dne 14. 2. 2020 žalobkyně požádala o platbu.

Dne 14. 9. 2020 Fond informoval žalobkyni, že platba nebude provedena v termínech předpokládaných Pravidly pro žadatele, a to z důvodu prověřování způsobilosti příjemce dotace ve smyslu čl. 48 nařízení 809/2014[1] (správní kontroly) spojeného s auditem Evropské komise (dále „Komise“) č. UMB/2019/003/CZ, jenž se týkal Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova (dále „EZFRV“) a souladu fungování zavedených řídících a kontrolních systémů za účelem vyloučení střetu zájmů, a to s ohledem na možný střet zájmů Ing. A. B. (dále „Audit“). Dne 18. 3. 2021 bylo zahájeno sporné řízení podle § 141 a násl. zákonač. 500/2004 Sb., správního řádu, ve znění pozdějších předpisů (dál jen „správní řád“). Žalovaný posoudil návrh na zahájení sporného řízení jako spor o postup Fondu k tvrzené nečinnosti Fondu k poskytnutí dotace. Rozhodnutím ze dne 10. 3. 2022, č.j. MZE-13332/2024-14112 žalovaný návrh zamítl s odůvodněním, že Audit nebyl v době vydání rozhodnutí ze strany Evropské komise ukončen a jeho závěr bude mít zásadní význam pro vyplacení dotace konkrétním příjemcům, neboť Fond nemůže vyplatit dotaci žalobkyni, o jejíž způsobilosti k poskytnutí dotace vyvstaly pochybnosti. Veřejným zájmem ve smyslu § 2 odst. 4 správního řádu je, aby nebyly poskytovány dotace z evropských prostředků, které následně mohou být důvodem pro finanční opravy podle čl. 52 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 1306/2013, v platném znění. Žalobkyně se proti uvedenému rozhodnutí žalovaného bránila žalobou u Městského soudu v Praze. Ten rozsudkem ze dne 8. 3. 2023 č. j. 9 A 42/2022-106 výše uvedené rozhodnutí zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. V rozsudku soud argumentuje, že žalovaný nedisponuje pravomocí řešit ve sporném řízení otázku způsobilosti žalobkyně jako příjemkyně dotace, ani nemůže zamítnout návrh iniciující sporné řízení s tím, že se tato otázka musí nejprve vyřešit. Posuzování této otázky spadá do oblasti posuzování zákonnosti veřejnoprávní smlouvy a žalovaný měl posuzování předmětné předběžné otázky učinit v samostatném řízení z moci úřední podle § 165 správního řádu, přičemž vlastní sporné řízení měl do vyřešení této předběžné otázky přerušit podle § 64 odst. 1 písm. c) bod 3 správního řádu.

Fond následně přípisem ze dne 10. 5. 2023 žalobkyni sdělil, že po ověření způsobilosti výdajů a ověření splnění veškerých podmínek pro proplacení finančních prostředků oznamuje výši schválené dotace na projekt „Modernizace farem pro drůbež“ ve výši 0 Kč a informoval žalobkyni o ukončení administrace jeho žádosti o dotaci.

Žalovaný následně dne 17. 7. 2023 zahájil přezkumné řízení podle § 165 správního řádu, neboť měl za to, že Dohoda byla uzavřena v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. V rámci přezkumného řízení vydal dne 13. 3. 2024 rozhodnutíč. j. MZE-16328/2024-14112 (dále jen „prvostupňové rozhodnutí“), jímž zrušil Dohodu s účinky ode dne jejího uzavření. V odůvodnění prvostupňového rozhodnutí odkázal na výsledky auditního šetření stvrzené prováděcím rozhodnutím Komiseč. 2022/908 ze dne 8. 6. 2022, podle nichž se na Ing. A. B. vztahuje § 4c zákona o střetu zájmů, v důsledku čehož veškeré dotace poskytnuté skupině Agrofert po 1. 9. 2017 (tj. po rozhodném datu pro použití § 4c zákona o střetu zájmů) jsou s tímto zákonem v rozporu, jestliže: a) žádost o dotaci byla podána dne 1. 9. 2017 nebo po tomto datu a b) dotace byla poskytnuta v době, kdy byl Ing. A. B. veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Žalovaný dodal, že v nyní posuzovaném případě byly obě podmínky splněny (Ing. A. B. byl v době uzavření Dohody předsedou vlády). Situace, kdy byl Ing. A. B. v době uzavření Dohody předsedou vlády České republiky a s ohledem na pravidla fungování obou svěřenských fondů ovládal obchodní společnosti, spadá po 2. 8. 2018 do situace střetu zájmů popsané taktéž v ustanovení čl. 61 odst. 1 Finančního nařízení.

Žalovaný poukázal též na závěr Komise, že se § 4c vztahuje na všechny právní předpisy upravující rozpočtová pravidla v ČR a nikoli výlučně na zákonč. 218/2000 Sb., zmíněný v poznámce pod čarou k § 4c zákona o střetu zájmů. Neexistuje totiž logický důvod, který by ospravedlňoval rozdíl v zacházení s dotacemi financovanými z EZFRV (ve vztahu k nimž by se § 4c nepoužil) a s dotacemi z jiných unijních fondů (u nichž by se použil).

K samotnému střetu zájmů žalovaný zdůraznil, že ovládání ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů lze realizovat nejen právně, ale i fakticky. Rozhodující vliv lze uskutečňovat přímo, ale také prostřednictvím jiných osob, přičemž postačuje i pouhá možnost uplatňovat rozhodující vliv, jedná-li se o možnost reálnou a podloženou. Žalovaný citoval závěry Komise, podle nichž s přihlédnutím k obsahu statutů obou svěřenských fondů a ke skutečnosti, že jsou ovládajícími osobami společnosti Agrofert, ovládá Ing. A. B. nepřímo celou skupinu Agrofert právě prostřednictvím svěřenských fondů.

Žalovaný shrnul, že statuty svěřenských fondů jsou nastaveny tak, aby umožnily Ing. A. B. nadále vykonávat na společnost Agrofert rozhodující vliv ve smyslu § 74 zákonač. 90/2012 Sb., o obchodních korporacích (dále „ZOK“). Ing. A. B. nemá formálně práva k akciím, ale má možnost zasahovat do složení orgánů, které tyto pravomoci mají, a jimiž jsou svěřenský správce a rada protektorů, a má právo na potřebné informace. Statuty rovněž stanoví, že vyčleněné akcie nesmí být při správě svěřenského fondu zcizeny jinak než formou vydání majetku (akcií) obmyšlenému, tj. za života Ing. A. B. pouze do jeho rukou. Nemohou být ani jakkoli zatíženy. Možnost svěřenských správců uplatňovat ve společnosti Agrofert rozhodující vliv je vzhledem k těmto skutečnostem přes naplnění znaků dle § 75 odst. 1 a 2 ZOK toliko formální. Žalovaný zdůraznil, že kritérium způsobilosti příjemce je předmětem správní kontroly podle čl. 48 nařízení 809/2014. Veřejnoprávní smlouva nesmí být v rozporu s právními předpisy, nesmí je obcházet a musí být v souladu s veřejným zájmem.

Ohledně dopadů rozhodnutí do práv žalobkyně žalovaný předeslal, že jiný postup než zrušení Dohody by přicházel v úvahu jedině v případě zjevného nepoměru mezi ochranou práv nabytých v dobré víře a ochranou veřejného zájmu, jímž je v posuzované věci ochrana českých veřejných rozpočtů. Žalovaný uvedl, že posuzovaný projekt není jediný, jenž byl shledán nezpůsobilým v důsledku porušení § 4c zákona o střetu zájmů. U společností ze skupiny Agrofert byly z tohoto důvodu pozastaveny platby v celkové výši 581 418 529 Kč. Okolnosti případu podle názoru žalovaného odůvodňují řešení spočívající ve zrušení Dohody k datu jejího uzavření.

Žalobkyně podala proti prvostupňovému rozhodnutí rozklad, jehož obsah je do značné míry shodný se žalobou v této věci. Rozhodnutím označeným v záhlaví tohoto rozsudku (dále jen „napadené rozhodnutí“) ministr rozklad zamítl a prvostupňové rozhodnutí potvrdil. V odůvodnění napadeného rozhodnutí se ztotožnil se skutkovými zjištěními i jejich hodnocením ze strany žalovaného. K námitce, že žalovaný nezjistil žádné porušení zákona, jež je zákonným předpokladem pro zrušení veřejnoprávní smlouvy (a tím méně, kdo se tohoto porušení dopustil), uvedl, že pro posouzení věci není rozhodné, jaká konkrétní osoba, kdy a jakým jednáním porušila právní předpisy, nýbrž to, že žalobkyně není způsobilou příjemkyní dotace podle Dohody.

II. Obsah žaloby a vyjádření žalovaného

Žalobkyně v žalobě namítla, že právo zahájit přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy již prekludovalo, a to na základě čl. 3 odst. 1 přímo použitelného nařízení 2988/95.[2]

Žalovaný dle názoru žalobkyně vědomě rezignoval na zjištění skutkového stavu věci, o němž nejsou důvodné pochybnosti, neboť sice konstatoval rozpor Dohody s § 4c zákona o střetu zájmů, avšak neprokázal naplnění hypotézy tohoto ustanovení a nepovažoval za nutné objasnit ani to, kdo, kdy a jakým jednáním či opomenutím (skutkem) tento právní předpis porušil. Bez těchto skutkových zjištění však nemohl přezkoumatelně dospět k závěru o rozporu Dohody s právními předpisy, natožpak určit, k jakému okamžiku má být zrušena.

Namísto řádného zjištění skutkového stavu a posouzení věci, které by mělo oporu v právních předpisech, žalovaný rozpor Dohody s § 4c zákona o střetu zájmů v zásadě toliko presumoval, a to na základě předběžných a právně nezávazných závěrů Auditu v rozporu s rozhodovací praxí Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“), podle níž věcnou správnost Auditu nelze presumovat v řízeních, která mají za důsledek negaci právního nároku na již přiznanou (poskytnutou) dotaci. V nyní projednávané věci neměl žalovaný volné správní uvážení, komu dotaci poskytne, ale uzavřením Dohody vznikl žalobkyni nárok na její poskytnutí. Žalovaný však přistoupil k Auditu jako k nezpochybnitelné „koruně důkazů“ a odmítl se vypořádat s řadou námitek proti skutkovému a právnímu posouzení věci, ze kterého Audit vycházel, a to s poukazem na skutečnost, že obdobné námitky již byly vypořádány v rámci Auditu, jehož se však žalobkyně nemohla účastnit a vykonávat v jeho průběhu jakákoliv procesní práva. Odmítl také provést žalobkyní navržený soubor důkazních prostředků, jež vyvracely skutková zjištění a jejich právní posouzení v rámci Auditu.

Žalovaný však pochybil nejen procesně, ale i při posouzení věci samé. Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů totiž na Dohodu vůbec nedopadá, a nemohlo tedy být při jejím uzavírání ani porušeno. I kdyby na Dohodu hypoteticky dopadalo, nemohlo být porušeno, protože společnost Agrofert v okamžiku uzavření Dohody ovládal výlučně svěřenský správce Ing. Z. P., který nikdy nebyl veřejným funkcionářem ve smyslu zákona o střetu zájmů. Článek 61 Finančního nařízení dopadá teoreticky pouze na Fond, a nebylo prokázáno porušení tohoto ustanovení.

Další pochybení žalovaného spočívá dle mínění žalobkyně v tom, že vztáhl účinky zrušení Dohody již k okamžiku jejího uzavření. I došlo-li by v souvislosti s uzavřením dohody k porušení zákona o střetu zájmů, dopustil by se jej Fond jako poskytovatel dotace, nikoliv žalobkyně, která Fondu nikdy nesdělila žádné nesprávné nebo zavádějící údaje. Nebyly tak splněny podmínky stanovené v § 99 odst. 3 správního řádu, aby žalovaný mohl dohodu zrušit s účinky ex tunc. Této skutečnosti si je žalovaný vědom, a právě proto se účelově vyhýbá odpovědi na otázku, komu je tvrzené porušení právních předpisů přičitatelné.

Popsanými vadami je zatíženo jak prvostupňové, tak napadené rozhodnutí, v němž se ministr nevypořádal s rozkladovou argumentací, zejména s její částí týkající se způsobu ovládání společnosti Agrofert a fungování svěřenských fondů, do nichž byly akcie této společnosti vloženy. Rozhodnutí je tak z větší části nepřezkoumatelné a ve zbylé části dospívá k nesprávným úvahám, např. když konstatuje, že žalobkyně údajně poskytla Fondu nesprávné a neúplné informace o svém právním postavení, což je v naprostém rozporu s obsahem správního spisu.

Závěrem žalobkyně zdůraznila, že výsledek přezkumného řízení je o to absurdnější, že v okamžiku uzavření Dohody nevykládal příslušné právní předpisy způsobem, jakým tak nyní činí žalovaný, vůbec nikdo; naopak Fond i žalovaný tento výklad opakovaně vyvraceli. O schopnosti žalovaného posoudit nyní objektivně a nezávisle soulad Dohody s právními předpisy tak žalobkyně silně pochybuje. Žalovaný bude navíc v nejbližší době rozhodovat i o paralelně uplatněném návrhu na zaplacení přiznané dotace, což jeho institucionální podjatost v tomto ohledu ještě umocňuje.

Žalovaný ve vyjádření k žalobě setrval na správnosti napadeného rozhodnutí a argumentaci v něm obsaženou stručně zopakoval. Nad rámec toho k námitce prekluze práva na zahájení přezkumného řízení uvedl, že lhůta stanovená nařízením 2988/95 se vztahuje jen na ty nesrovnalosti, s nimiž je spojeno již vyplacení prostředků, což nebyl případ žalobkyně. Přesto žalovaný poukázal na úkony Fondu, které podle jeho názoru běh prekluzivní lhůty ještě před jejím uplynutím přerušily (sdělení o pozastavení administrace žádosti o dotace ze dne 14. 9. 2020 a oznámení o ukončení její administrace ze dne 10. 5. 2023).

Žalobkyně se v replice ohradila proti tomu, jak žalovaný vykládá pojem „nesrovnalost“ užitý v nařízení 2988/95. Podle jejího názoru pro vznik nesrovnalosti postačí již pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu, takže se prekluzivní lhůta uplatní i v nyní projednávané věci. Úkony označené žalovaným její běh nepřerušily, jelikož je neučinil příslušný orgán ve smyslu zmíněného nařízení a netýkaly se vyšetřování nesrovnalosti nebo řízení o ní; Fond totiž není oprávněn vést žádné takové řízení. Dále žalobkyně rozvedla, že pro vyslovení nezákonnosti Dohody je třeba úplně zjistit skutkový stav, což zahrnuje také jednání Fondu a jeho úředních osob při jejím uzavírání. Žalovaným citovaná judikatura týkající se odpovědnosti žadatele za splnění dotačních podmínek není na danou věc přiléhavá, protože vycházela z podstatně odlišného skutkového stavu založeného na porušení podmínek žadatelem. Žalobkyně též namítla, že nastavení fungování svěřenských fondů nemá na způsob ovládání společnosti Agrofert žádný vliv, neboť podmínky výkonu akcionářských práv jsou upraveny výlučně ve stanovách společnosti Agrofert.

Při ústním jednání před soudem konaném dne 1. 12. 2025 žalobkyně odkázala na žalobu a podrobně zrekapitulovala námitky v ní obsažené. Co se týče namítané prekluze práva žalovaného zahájit přezkumné řízení, je přesvědčena, že běh prekluzivní lhůty nemohl být přerušen sdělením Fondu ze dne 14. 9. 2020 o pozastavení administrace žádosti o dotaci ani oznámením Fondu ze dne 10. 5. 2023. K ovládání společnosti Agrofert osobou Ing. A. B. uvedla, že v zákoně jsou stanoveny domněnky ovládání a ty v době uzavření Dohody svědčily správcům svěřenských fondů. Tyto svěřenské fondy Ing. A. B. zakládal právě proto, aby vyhověl zákonu o střetu zájmů. Tím, že akcie společnosti Agrofert vložil do svěřenských fondů, ztratil práva akcionáře. Žalobkyně nesouhlasí se závěrem, k němuž dospěly jiné senáty Městského soudu v Praze ve svých rozhodnutích, že Ing. A. B. si zachoval rozhodující vliv na společnost Agrofert. Má za to, že vyvrácení domněnky ovládání ve smyslu § 74 odst. 1 ZOK musí být prokázáno, což v posuzovaném případě nebylo. K tomu odkazuje na rozsudek Nejvyššího soudu sp. zn. 32 Odo 1160/2023. Pokud jde o čl. 61 Finančního nařízení, jedná se o úpravu materiálního střetu zájmů a podle pokynů Komise je třeba zkoumat, zda mohlo dojít k ovlivnění rozhodování. Ve střetu zájmů však v dané věci mohl být jedině Fond, a to za předpokladu, že osoby podílející se na rozhodování byly podjaté. Žalobkyně dále poukázala na to, že program rozvoje venkova byl prověřen a schválen Komisí a v rámci předmětné Výzvy z něj bylo podpořeno přibližně 1200 projektů. Žádné zvýhodnění žalobkyně nebylo v řízení prokázáno. Stejně tak není zřejmé, jaký vztah mohl mít předseda vlády k poskytnutí konkrétní dotace. Závěrem žalobkyně poukázala na to, že ve věci nebyl dán důvod pro zrušení Dohody ex tunc, když ani žalovaný netvrdí, že žalobkyně v rámci žádosti poskytla nesprávné či neúplné údaje.

Žalovaný při jednání před soudem odkázal na písemné vyjádření k žalobě a zdůraznil, že k provedení přezkumného řízení byl zavázán rozhodnutím soudu. Při rozhodování v dané věci vycházel z Auditu, nicméně jeho závěry ověřil, vyžádal si statuty svěřenských fondů, které posoudil, a v návaznosti na to si udělal vlastní závěry. Žalovaný odkázal na aktuální rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025 č. j. 1 Afs 59/2025 – 98, jímž byla zamítnuta kasační stížnost jiné společnosti ze skupiny Agrofert ve skutkově a právně obdobné věci. K argumentaci žalobkyně ve věci výkladu pojmu ovládání (§ 74 ZOK) odkázal na rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 10. 9. 2024, čj. 11 A 126/2023-53, ve kterém městský soud uzavřel, že pojem ovládání je třeba vykládat ve vztahu ke konkrétní věci, tedy v tomto případě ve vztahu k § 4c zákona o střetu zájmů.

Soud k důkazu neprovedl ty listiny, které se nacházejí v předloženém správním spise, jelikož správním spisem se dokazování neprovádí (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008-117, č. 2383/2011 Sb. NSS). Soud rovněž k důkazu neprovedl vyjádření Fondu v řízení sp. zn. 10 A 25/2023, neboť v této věci již bylo městským soudem pravomocně rozhodnuto, přičemž nyní rozhodujícímu pátému senátu městského soudu je rozsudek ze dne 27. 6. 2024, čj. 10 A 25/2023-184 znám z úřední činnosti. Soud dále k důkazu pro nadbytečnost neprovedl ani listiny předložené žalobkyní při ústním jednání, a to konkrétně sdělení Komise 2021/C 121/01 – Pokyny k zabránění střetu zájmů, prováděcí rozhodnutím Komise ze dne 26. 5. 2015, kterým byl schválen program rozvoje venkova ČR ani Statut a jednací řád Hodnotitelské komiseč.j. 31511/2018-MZE-14113. K těmto důkazům soud uvádí, že pro rozhodnutí o žalobě je zcela nepodstatné, že Komise již v květnu 2015 schválila prováděcím rozhodnutím program rozvoje venkova ČR, o čemž ostatně není mezi stranami sporu. Pokyny Komise k zabránění střetu zájmů obsažené ve sdělení 2021/C 121/01 a Statut a jednací řád Hodnotitelské komiseč.j. 31511/2018-MZE-14113 jsou oběma stranám známy a navíc jde o listiny, z nichž s ohledem na jejich obecnost nelze čerpat žádná zjištění významná pro posouzení toho, zda žalovaný v nyní projednávané věci, která se týká konkrétního střetu zájmů, postupoval v souladu se zákonem.

III. 5. Dohoda měla být zrušena zpětně k okamžiku svého uzavření

Základním předpokladem pro zrušení veřejnoprávní smlouvy v přezkumném řízení je, že tato smlouva byla uzavřena v rozporu s právními předpisy (§ 165 odst. 2 správního řádu). V předchozí části rozsudku soud vyložil, že tomu tak v posuzované věci bylo.

Žalobkyně opakovaně vyčetla žalovanému, že nekonkretizoval, kdo a jakým konkrétním jednáním právní předpisy porušil. Takový požadavek však ze zákona nevyplývá; rozhodné je, že uzavření Dohody odporovalo právním předpisům. To ovšem neznamená, že se k okolnostem konkrétní věci v přezkumném řízení nijak nepřihlíží.

Na tyto okolnosti pamatuje § 94 správního řádu, podle nějž jestliže po zahájení přezkumného řízení správní orgán dojde k závěru, že ačkoli rozhodnutí bylo vydáno v rozporu s právním předpisem, byla by újma, která by jeho zrušením nebo změnou vznikla některému účastníkovi, který nabyl práva z rozhodnutí v dobré víře, ve zjevném nepoměru k újmě, která vznikla jinému účastníkovi nebo veřejnému zájmu, řízení zastaví (odstavec 4). Dále je při rozhodování v přezkumném řízení správní orgán povinen šetřit práva nabytá v dobré víře, zejména mění-li rozhodnutí, které bylo vydáno v rozporu s právními předpisy, nebo určuje-li, od kdy nastávají účinky rozhodnutí vydaného v přezkumném řízení (odstavec 5).

Účinky rozhodnutí v přezkumném řízení blíže upravuje § 99 správního řádu. Pro nyní projednávanou věc je podstatný jeho odstavec 3, jenž stanoví, že pokud se ruší nebo mění rozhodnutí, jímž bylo přiznáno právo, a neodůvodňují-li okolnosti případu jiné řešení, určí správní orgán, že účinky rozhodnutí v přezkumném řízení nastávají ode dne jeho právní moci nebo předběžné vykonatelnosti; bylo-li však přezkoumávané rozhodnutí vydáno na základě nesprávných či neúplných údajů uvedených žadatelem, určí správní orgán, že účinky rozhodnutí v přezkumném řízení nastávají ode dne právní moci nebo předběžné vykonatelnosti přezkoumávaného rozhodnutí.

Před posouzením splnění těchto podmínek je třeba připomenout setrvalou judikaturu správních soudů, opírající se o rozhodovací praxi SDEU, podle které jsou za dodržení všech podmínek dotací odpovědni výlučně příjemci podpor. Podrobně to vyložil NSS v rozsudku ze dne 15. 8. 2012, č. j. 1 Afs 15/2012-38, č. 713/2012 Sb. NSS, v jehož bodě 33 se uvádí: „Skutečnost, že poskytovatel finančních prostředků opomněl upozornit na nesrovnalosti při provádění dané akce, nevylučuje ani neomezuje takovou odpovědnost. Opačný výklad by vedl ke stavu, kdy by byl příjemce dotace zbaven veškeré odpovědnosti za nesrovnalosti, které nebyly oznámeny poskytovatelem. Předpokladem práva dovolávat se legitimního očekávání je v takovém případě poskytnutí konkrétních ujištění ze strany příslušného orgánu, která mohou vzbudit legitimní očekávání u toho, komu jsou určena, a dále skutečnost, že tato ujištění jsou v souladu s použitelnými právními předpisy [rozsudek Soudního dvora ze dne 25. 3. 2010, Sviluppo Italia Basilicata (C‑414/08, Sb. rozh. s. I‑02559); viz zejména body 102 a 107 rozsudku]. Zásady legitimního očekávání se tak nemůže dovolávat příjemce, který se dopustil zjevného porušení platné právní úpravy [rozsudek Soudního dvora ze dne 13. 3. 2008, Vereniging Nationaal Overlegorgaan Sociale Werkvoorziening a další (spojené věci C-383/06 až C‑385/06, Sb. rozh. s. I-01561); bod 56]. Soudní dvůr proto neshledal, že by došlo k zásahu do zásady legitimního očekávání ani v případě, v němž příslušný vnitrostátní orgán nemohl v okamžiku, kdy rozhodl o poskytnutí pomoci, nevědět, že příjemce nedodržel pravidla pro zadávání veřejných zakázek, neboť vybral poskytovatele pověřeného uskutečněním operace financované z této pomoci ještě před tím, než mu byla pomoc poskytnuta [rozsudek Soudního dvora ze dne 21. 12. 2011, Chambre de commerce et d'industrie de l'Indre [C-465/10].“ (podtržení doplněno)

V rozsudku ze dne 17. 8. 2023, č. j. 1 Afs 66/2023-79 NSS konstatoval, že judikatura v oblasti dotací „je s tou obecnou, týkající se založení legitimního očekávání rozhodovací praxí, soudržná: legitimní očekávání vzniká v zásadě na základě jednání správního orgánu, který zároveň tímto jednáním zjevně nepřekročí zákonné meze. Je zřejmé, že kontrola u příjemce dotace nemůže založit legitimní očekávání svou dlouhodobostí (resp. jednotností a ustáleností jako tomu je v případě rozhodovací praxe), toto kritérium je tedy ve prospěch příjemců dotace modifikováno tak, že legitimní očekávání může být založeno též aktivním jednorázovým jednáním správních orgánů – poskytnutím konkrétních ujištění. Absencí aktivního jednání ze strany kontrolujícího správního orgánu v konkrétním případě (např. proto, že bylo pochybení příjemce jednoduše přehlédnuto) nemůže dojít ke vzniku legitimního očekávání.“

Tyto judikaturní závěry se sice týkaly částečného nevyplacení již přiznané dotace, případně vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně při použití dotace a nikoli zrušení smlouvy o poskytnutí dotace v přezkumném řízení, přesto z nich lze vyjít i v nyní projednávané věci, neboť ve všech těchto případech již žadatelům vzniklo právo na obdržení finančních prostředků, splní-li všechny dotační podmínky. Soud v této souvislosti připomíná právní větu rozsudku ze dne 15. 1. 2025, č. j. 10 Afs 157/2024-65, v němž se NSS rovněž zabýval dotacemi poskytnutými Fondem a spolufinancovanými z EU: „Stanoví-li pravidla pro poskytnutí dotace, že projekt musí být v souladu s příslušnou právní úpravou od okamžiku podání žádosti o dotaci do konce lhůty vázanosti projektu na účel, pak toto pravidlo platí také pro zákaz střetu zájmů ve smyslu § 4c zákonač. 159/2006 Sb., o střetu zájmů. Uvedenou podmínku proto musí žadatel splňovat po celou dobu vyřizování žádosti o dotaci.“

Na základě těchto východisek soud ve shodě se žalovaným shledal, že žalobkyně nenabyla v dobré víře žádná práva hodná soudní ochrany. Ministr v napadeném rozhodnutí poukázal na to, že žalobkyně neobdržela žádné konkrétní ujištění, že je její dotační projekt zcela bezvadný; to ostatně sama připustila v žalobě. Taktéž uvedla, že svůj požadavek na vyplacení dotace zakládala na nevyvrácené domněnce poctivosti a dobré víry (§ 7 občanského zákoníku) spolu se skutečností, že ve své žádosti o dotaci neuvedla žádné nesprávné, neúplné či zavádějící informace o svém právním postavení, a dále na uzavření Dohody a na tom, že podpořený projekt v dobré víře řádně realizovala.

Proti právům žalobkyně nabytým z Dohody stojí v první řadě veřejný zájem na ochraně veřejných rozpočtů. V projednávané věci jde zaprvé o částku poskytnutou z národních zdrojů České republiky. Žalobkyni je třeba přisvědčit, že neoprávněné vyplacení dotace z veřejných rozpočtů samo o sobě ke zrušení veřejnoprávní smlouvy v přezkumném řízení (natož s účinky ex tunc) nepostačuje: takový důvod totiž z povahy věci existuje u každé veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace, a proto by muselo být v přezkumném řízení zrušena automaticky každá taková smlouva uzavřená v rozporu s právními předpisy, což by nebylo v souladu s výše citovanými judikaturními východisky. V projednávané věci však k této okolnosti přistupuje několik specifik. České veřejné rozpočty nebyly dotčeny jen v rozsahu dotace vyplacené z národních zdrojů, ale také v rozsahu spoluúčasti EU na daném projektu. Z auditních zjištění Komise přitom vyplývalo, že existence střetu zájmů Ing. A. B. je důvodem pro následné neproplacení dotace členskému státu ze strany EU, přičemž tyto závěry byly posléze potvrzeny prováděcím rozhodnutímč. 2022/908 z 8. 6. 2022, kterým Komise z financování vyloučila některé výdaje vynaložené členskými státy v EZZF a EZFRV. Soud zdůrazňuje, že tato obava z následného neproplacení dotace by nemohla způsobit nezákonnost veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace (srov. rozsudek NSS ze dne 27. 9. 2023, č. j. 10 Afs 9/2023-75 a contrario), ale v přezkumném řízení ji lze zohlednit v rámci poměřování protichůdných zájmů podle § 94 a § 99 správního řádu.

Veřejný zájem je třeba v této souvislosti chápat v nejširším slova smyslu, a při jeho posuzování tak lze v menší míře přihlédnout rovněž k absolutní výši neoprávněně vyplacených prostředků (výpadek jednotek miliard korun způsobí státu nepochybně větší komplikace než výpadek stovek tisíc korun) i k širšímu kontextu, jenž v tomto případě tvoří skutečnost, že obdobná situace nastala také v dalších dotačních řízeních týkajících se společností ze skupiny Agrofert. Žalovaný poukázal na to, že u projektů, na které dopadají auditní zjištění Komise a u nichž byla administrace žádosti pozastavena, nebylo dosud vyplaceno 581 418 529 Kč a tato částka by nutně měla dopad do národních zdrojů ČR. Bez ohledu na to, zda je tato částka přesná (žalovaný ji ve svém rozhodnutí skutečně nijak nedoložil), je zjevné, že popsaným způsobem je jen u dotací poskytnutých Fondem dotčena částka násobně vyšší než ta nyní posuzovaná. U Městského soudu v Praze byla podána celá řada žalob společností ze skupiny Agrofert proti zrušení veřejnoprávní smlouvy v přezkumném řízení (ve všech těchto řízeních zastupuje žalobkyně totožná právní zástupkyně). Také tato úvaha žalovaného proto obstojí.

Nelze přitom přisvědčit argumentu, že by i v případě neproplacení části dotace ze strany EU existoval převažující veřejný zájem na podpoře daného projektu, neboť splňuje veřejně prospěšné cíle sledované příslušným dotačním programem. Nutnou součástí úvah o podpoře každého projektu je totiž nejen jeho přínos v absolutních číslech, ale také relativně k vynaloženým nákladům. Nelze presumovat, že byl-li Fond ochotný podpořit konkrétní projekt určitou částkou, byl by ochotný podpořit jej také částkou dvojnásobnou, tedy v situaci, kdy by odpadla možnost jeho financování z rozpočtu EU. Nehledě na to, že potřebné prostředky by se v národním rozpočtu nenacházely, a musel by je získat na úkor někoho jiného. Zároveň je třeba zdůraznit, že zjištěný střet zájmů vyvolává legitimní pochybnosti, jestli projekt žalobkyně vůbec odpovídá cílům dotačního programu a jestli by se žalobkyní byla uzavřena Dohoda, i kdyby nebyl předsedou vlády Ing. A. B. Právě v tomto světle je třeba hodnotit veřejný zájem na ochraně českých veřejných rozpočtů.

Tím se soud dostává k vysoce specifickým okolnostem věci, jež jsou při hodnocení (hypotetické) dobré víry žalobkyně zásadní. Kvůli porušení § 4c zákona o střetu zájmů vzniklo riziko, že Fond při hodnocení žádostí o dotaci – a následně při uzavření Dohody – nepostupoval podle zákonem předepsaných pravidel, jinak řečeno že se žalobkyní uzavřel Dohodu právě v důsledku veřejné funkce Ing. A. B. Soud v tomto řízení pochopitelně nemůže zjišťovat, jestli tomu tak skutečně bylo, a objektivně to nebylo ani v silách žalovaného. Ale právě kvůli nemožnosti faktické reálné kontroly všech vnitřních procesů ve státní správě vedené veřejným funkcionářem ovládajícím významné příjemce nenárokových dotací existují pravidla pro střet zájmů, která zakazují poskytnout dotaci společnostem, v nichž drží alespoň 25% podíl společnost ovládaná veřejným funkcionářem. Jestliže došlo k porušení těchto pravidel, tak nelze připustit, aby z tohoto porušení těžily společnosti fakticky ovládané tímto veřejným funkcionářem, mezi něž patří také žalobkyně (porušení zákona by tím bylo legitimizováno tímtéž porušením zákona).

Žalobkyně citovala nález Ústavního soudu ze dne 4. 9. 2018, sp. zn. I. ÚS 17/16, podle nějž „v případech čistě vertikálních vztahů, v nichž byly nezákonným rozhodnutím založeny oprávnění nebo výhoda jednotlivce oproti stavu, který měl podle objektivního práva nastat, avšak který v důsledku nezákonnosti nenastal, je nutno důvěru v akty veřejné moci a právní jistotu nabytí práv pokládat za zásadní a ustoupit od její ochrany pouze za situace ohrožení vskutku závažného veřejného zájmu. Je totiž věcí státu, aby ve správních řízeních, která vede, nechyboval, a pokud k tomu přeci jenom dojde, aby zásadně nesl následky svých pochybení. Nezbytnost ochrany důvěry v akty veřejné moci a z nich nabytých práv však může být oslabena tam, kde není dána dobrá víra v jejich správnost či zákonnost. Platí přitom, že dobrá víra se předpokládá a je na veřejné moci, aby její existenci vyvrátila.“ Postup žalovaného těmto východiskům neodporuje, neboť důvěra v Dohodu jakožto akt orgánů veřejné moci byla podstatně narušena tehdy existujícím střetem zájmů, tedy tím, že Fond uzavřel veřejnoprávní smlouvu o poskytnutí dotace se společností, jejíž jedinou společnicí byla společnost ovládaná prostřednictvím jiné společnosti veřejným funkcionářem, dokonce předsedou vlády. Právě v důsledku tohoto porušení § 4c zákona o střetu zájmů vyvstaly legitimní pochybnosti o tom, jestli orgán státu v daném dotačním řízení vůbec „mohl nechybovat“. Za takové situace nelze klást následky tohoto pochybení slepě k tíži státu bez ohledu na ostatní okolnosti věci. Opačný přístup by vedl k naprostému vyprázdnění zákona o střetu zájmů a popření jeho účelu. V nynější věci tedy existuje vskutku závažný veřejný zájem ve smyslu citovaného nálezu, jenž opodstatňuje zásah do důvěry ve správnost aktů veřejné moci.

Z uvedeného soud dovozuje, že žalobkyně žádná práva v dobré víře nenabyla. Nicméně rozhodnutí žalovaného skutečně obsahuje náznaky, že byl opačného názoru, jak namítá žalobkyně. Proto soud dodává, že i kdyby žalobkyně právo na poskytnutí peněžních prostředků v dobré víře nabyla, tak by nad nimi výrazně převážila újma hrozící veřejnému zájmu.

Žalobkyně svou dobrou víru opírá také o to, že v době uzavření Dohody „vůbec nikdo nevykládal příslušné právní předpisy způsobem, jakým tak nyní činí žalovaný“. K tomu je třeba především uvést, že v té době neexistoval žádný autoritativní výklad českých soudů k § 4c zákonu o střetu zájmů. Případná dobová stanoviska vrcholných orgánů státní správy pochopitelně nelze považovat za bernou minci právě s ohledem na veřejnou funkci Ing. A. B. v čele vlády. Absence autoritativního soudního výkladu však nemůže zbavit žalobkyni odpovědnosti, a tím spíše, že nyní provedený výklad považuje soud za zcela racionální a předvídatelný. Právní názor žalovaného tak nedokládá jeho podjatost, jak se mylně domnívá žalobkyně, a totéž platí pro skutečnost, že žalovaný bude rozhodovat také o paralelním návrhu žalobkyně na zaplacení dotace. Jedná se o spory z téže veřejnoprávní smlouvy, v podstatě spíše o dvě procesně odlišná uchopení téhož sporu, a proto je přirozené, že k jejich rozhodnutí je příslušný tentýž správní orgán.

Pokud jde o účinky zrušení Dohody, soud připomíná, že veřejnoprávní smlouvou je žadateli o dotaci přiznáno právo na poskytnutí dotace a v takovém případě správní orgány zásadně ruší smlouvu ode dne účinnosti rozhodnutí vydaného v přezkumném řízení. Z tohoto pravidla však existují dvě výjimky: 1) odůvodňují-li okolnosti případu jiné řešení nebo 2) byla-li smlouva uzavřena na základě nesprávných nebo neúplných údajů uvedených žadatelem o dotaci.

Soud souhlasí se žalobkyní, že správní orgány nepoukázaly na žádné nepravdivé nebo neúplné údaje, které by uvedla v žádosti o dotaci, a proto podmínka 2) naplněna nebyla. Ministr však na tuto podmínku odkázal podpůrně, jak je zřejmé ze samého závěru jeho rozhodnutí: „K otázce stanovení účinků Rozhodnutí ministerstva k datu uzavření Dohody se konstatuje, že pokud v daném případě bylo prokázáno, že Žadatel není způsobilým příjemcem dotace z důvodu porušení § 4c zákona o střetu zájmů, pak nelze nezákonnost napravit jiným způsobem než tím, že Dohoda je zrušena s účinky ex tunc. Nadto je třeba uvést, že jak již bylo výše uvedeno, tak za správnost a úplnost poskytovaných údajů, jakož i dodržení všech podmínek dotace je odpovědný příjemce dotace (Žadatel) nikoliv poskytovatel dotace. Vzhledem k této skutečnosti je tak co do určení účinků Rozhodnutí ministerstva naplněn rovněž § 99 odst. 3 správního řádu in fine.“ (podtržení doplněno) Toto ministrovo pochybení však nemá vliv na zákonnost jeho rozhodnutí, neboť zrušení Dohody k okamžiku jejího uzavření odůvodňovaly okolnosti případu, které soud shora vylíčil.

V případě uzavření veřejnoprávní smlouvy v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů skutečně neexistuje jiná možnost než tuto smlouvu v přezkumném řízení zrušit s účinky k datu jejího uzavření.

Rozhodnutí žalovaného by v tomto ohledu jistě mohlo být propracovanější, zejména jde‑li o propojení úvah o právech nabytých v dobré víře se specifickou povahou důvodu nezákonnosti Dohody. Odůvodnění správních orgánů přesto obstojí. Žalovaný použil správná právní východiska, zohlednil relevantní veřejný zájem i jeho širší kontext a s ohledem na specifické okolnosti uzavření Dohody plynoucí z porušení § 4c zákona o střetu zájmů a z čl. 61 Finančního nařízení je jeho závěr správný. Ministr ve svém rozhodnutí doplnil úvahy týkající se výlučné odpovědnosti žadatele za splnění dotačních podmínek a absence konkrétního ujištění o souladu žádosti s těmito podmínkami, avšak tím nepopřel důvody vyložené žalovaným; tyto důvody se naopak vzájemně doplňují. Zároveň soud nesdílí názor, že tato skutková zjištění nemají oporu ve správním spisu, a nemůže být tedy řeč o porušení zásady dvojinstančnosti řízení.

Nakonec soud připomíná názor NSS vyslovený v rozsudku ze dne 15. 1. 2025, č. j. 10 Afs 157/2024-65, podle nějž „z povahy přezkumu prováděného ve správním soudnictví […] nelze dovodit, že by správní soud měl svoji argumentaci redukovat na potvrzení nebo vyvrácení důvodů, na kterých je založeno napadené správní rozhodnutí. Správní soud je totiž oprávněn tuto argumentaci doplnit, popřípadě zasadit do širšího kontextu. Jen tak lze totiž hovořit o soudním přezkumu, prováděném v rámci tzv. plné jurisdikce. Ztotožnil-li se proto v nyní posuzované věci městský soud se skutkovými a právními závěry žalovaného a současně nalezl pro tyto závěry i další právní argumentaci, nelze v tomto postupu shledat nic excesivního a nezákonného […].“

Soud poznamenává, že žalovaný se námitkou týkající se porušení čl. 61 Finančního nařízení, která byla vznesena v obdobném duchu jak ve správním, tak v soudním řízení, detailně zabýval, a soud je toho názoru, že se žalobkyni na vznesenou námitku v napadeném rozhodnutí dostalo dostatečné a srozumitelné odpovědi. Vzhledem k tomu, že není smyslem soudního přezkumu stále dokola podrobně opakovat již jednou vyřčené a pouze tak žalobkyni poskytnout „jinou“ či „lepší“ odpověď na její námitky, odkazuje soud na odůvodnění napadeného i prvostupňového rozhodnutí, které považuje za řádné a věcně správné, ztotožňuje se s ním a bere jej za své.

Soud k tomu dodává, že žalovaný nebyl v přezkumném řízení vázán rozhodnutím Krajského úřadu Středočeského kraječ. j. 117665/2019/KUSK z 26. 9. 2019, jenž na podkladě zkoumání naplnění předpokladů § 4a zákona o střetu zájmů konstatoval, že Ing. A. B. neovládá společnosti náležející do skupiny Agrofert. Shodnou námitkou se soud zabýval již v rozsudkuč. j. 18 A 6/2020-224, kde vyložil, že krajský úřad rozhodoval pouze ve věci přestupku podle § 23 odst. 1 písm. b) zákona o střetu zájmů, tedy o jednání, jež mělo být v rozporu s § 4a odst. 1 tohoto zákona omezujícího „vlastnictví médií“ veřejnými funkcionáři, a přímo se nevyjadřoval k naplnění podmínky § 4c zákona z pohledu rozhodování o nároku na poskytnutí dotace. Jeho závěry tudíž nejsou pro nyní posuzovanou věc rozhodující a ani správní soud jimi není vázán (srov. § 52 odst. 2 s. ř. s.). Obzvlášť je pak nutno zdůraznit, že řízení o přestupku je řízením o trestním obvinění ve smyslu čl. 6 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod, čemuž nutně odpovídal i vyšší důkazní standard pro shledání viny a uložení sankce. Východiska platná pro řízení sankčního charakteru však nelze přenést na řízení o zrušení veřejnoprávní smlouvy, které má sice pro žalobkyni také nepříznivé důsledky, nejedná se však o trest ve shora předestřeném smyslu. Pouze na okraj soud podotýká, že závěry krajského úřadu byly zpochybněny i Nejvyšším státním zastupitelstvím, jež rozhodnutí krajského úřadu označilo za nezákonné, byť nakonec nejvyšší státní zástupce nepodal žalobu ve veřejném zájmu podle § 66 odst. 2 s. ř. s. Také v tomto ohledu soud souhlasí s argumentací žalovaného.

Lze shrnout, že Ing. A. B., který byl ke dni uzavření Dohody jakožto předseda vlády veřejným funkcionářem, v době uzavření Dohody nepřímo prostřednictvím svěřenských fondů uplatňoval rozhodující vliv ve společnosti Agrofert, která byla jedinou společnicí žalobkyně. Ing. A. B. tedy žalobkyni ovládal ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů v tehdy účinném znění. Dohoda tak byla uzavřena v rozporu s tímto ustanovením. Ing. A. B. byl zároveň osobou, na niž cílí čl. 61 Finančního nařízení a ukládá jí pozitivní povinnost přijmout opatření k zamezení vzniku střetu zájmů či opatření k řešení již vzniklého střetu zájmů ve vztahu k rozpočtu Unie. Dohoda tudíž byla uzavřena v rozporu s čl. 61 Finančního nařízení.

a) musí být vydán „příslušným orgánem“,

b) musí být „oznámen dané osobě“,

c) musí se „týkat vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti“.

SDEU k výkladu tohoto článku v rozsudku ze dne z 11. 6. 2015, C-52/14 Pfeifer & Langen předeslal, že prekluzivní lhůta „má zajistit právní jistotu hospodářských subjektů […]. Tyto hospodářské subjekty musí být totiž schopny určit, které z jejich operací jsou definitivní a které mohou být stále předmětem stíhání.“ Následně konstatoval, že „pojem ‚příslušný orgán‘ ve smyslu tohoto ustanovení označuje orgán, který je příslušný učinit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání. Nic ve znění čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízeníč. 2988/95 naopak nenasvědčuje tomu, že tento orgán musí být stejný jako orgán příslušný k přiznání nebo vymáhání neoprávněně získaných částek na úkor finančních zájmů Unie. V tomto ohledu je třeba zdůraznit, že při neexistenci pravidel unijního práva přísluší každému členskému státu určit orgány, které jsou podle vnitrostátního práva příslušné k tomu, aby učinily úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízeníč. 2988/95. Členské státy proto mohou pravomoc stíhat nesrovnalosti přiznat jinému orgánu, než je orgán, který v projednávané věci přiznává náhradu nákladů na skladování nebo vymáhá její vrácení, s výhradou, aby tyto státy při této příležitosti nebránily účinnému použití unijního práva.“ (podtržení doplněno)

Orgánem příslušným ke stíhání nesrovnalosti týkající se Dohody je žalovaný, avšak úkon přerušující běh promlčecí doby mohl učinit i jiný orgán, byl-li příslušný k vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Pokud by se muselo jednat o úkony orgánu příslušného k „stíhání“ nesrovnalosti, použilo by nařízení právě tento termín, nikoli obecnější pojem „vyšetřování nebo řízení“ o nesrovnalosti. Stejně tak je logicky vyloučené, aby lhůtu stavěly jen úkony v rámci přezkumného řízení (jak se domnívá žalobkyně), protože tato lhůta je určující právě pro možnost zahájení tohoto přezkumného řízení. Daný úkon ovšem musí souviset s konkrétní nesrovnalostí; účel lhůty (doby) by totiž „nebyl zcela naplněn, kdyby mohla být tato promlčecí doba přerušena jakýmkoliv úkonem kontroly obecné povahy ze strany vnitrostátní správy bez souvislosti s podezřením na nesrovnalosti týkající se dostatečně přesně vymezených operací“ (rozsudek SDEU ve věci C-728/21 z 28. 6. 2022, bod 19).

V projednávané věci soud identifikoval hned dvě vyšetřování, která se týkala zjištěné nesrovnalosti. Chronologicky prvním z nich bylo samotné auditní šetření prováděné Komisí, které se zaměřovalo právě na soulad přiznání dotace s unijními předpisy. Oprávnění ověřovat, zda se správní praxe shoduje s pravidly Unie, jakož i podmínky, za nichž jsou prováděny a kontrolovány finanční operace, svěřuje Komisi samotné nařízení 2988/95 v čl. 9 odst. 1 a 2. Druhé vyšetřování prováděl na základě ukončeného auditního šetření Fond a vyústilo 18. 5. 2020 v zahájení kontroly plnění podmínek pro poskytnutí dotace. Toto oprávnění Fondu vyplývá z § 12a odst. 1 zákona o SZIF ve znění účinném do 31. 12. 2022.[3] Soud přitom nevidí důvod, proč by úkonem přerušujícím prekluzivní lhůtu musel být až úkon v rámci samotného vyšetřování (tedy kontroly) a nikoli úkony předcházející jejímu zahájení; nařízení ostatně užívá obrat „týkající se vyšetřování“. Z hlediska účelu nařízení je podstatné, že jde o vyšetřování v materiálním smyslu, které se týká konkrétní nesrovnalosti, provádí je orgán zmocněný k tomu příslušnými unijními nebo vnitrostátními předpisy a úkon týkající se tohoto vyšetřování je dané osobě oznámen. Jak soud již vyložil, účelem lhůty je informovat příjemce dotace o tom, které z jejich operací jsou definitivní a které mohou být stále předmětem stíhání. Právní jistotu příjemce dotace chrání dále maximální délka promlčecí lhůty upravená v čl. 3 odst. 1 pododstavci čtvrtém nařízení.

Komise i Fond byly orgány příslušné k vyšetřování dané nesrovnalosti. Úkony týkající se tohoto vyšetřování oznámil Fond žalobkyni sdělením o pozastavení administrace dotace ze dne 14. 9. 2020, tedy ještě před tím, než uběhla čtyřletá lhůta pro zahájení přezkumu veřejnoprávní smlouvy. V tomto sdělení Fond jasně specifikoval vyšetřovanou nejasnost poukazem na prověřování způsobilosti příjemce dotace ve smyslu čl. 48 nařízení 809/2014 spojené s probíhajícím auditním šetřením ke střetu zájmů (EK-DG AGRI). Zároveň žalobkyni poučil, že ji o výsledku ověření způsobilosti písemně informuje. Žalobkyně tak nemohla být na pochybách, jaké dotační podmínky se vyšetřování týká. Úkony přerušujícími běh promlčecí lhůty tak bylo jednak toto samotné sdělení (jde-li o vyšetřování prováděné Fondem), jednak jednotlivé kroky auditního šetření, zejména Formální sdělení z 23. 2. 2021 (jde-li o vyšetřování Komise).

Lhůta pro zahájení stíhání ve smyslu nařízení 2988/95 byla tedy přerušena sdělením Fondu ze dne 14. 9. 2020 a k datu zahájení přezkumného řízení neprekludovala. S ohledem na nedůvodnost tohoto žalobního bodu bylo nadbytečné zabývat se tím, zda by uplynutí dané lhůty bez dalšího znemožnilo zahájení přezkumného řízení podle vnitrostátního právního předpisu, nebo zda by mělo vliv toliko na spolufinancování projektu z prostředků EU.

Pokud jde o pojem střetu zájmů, soud na tomto místě předesílá, že právní konstrukci přednesenou žalobkyní při ústním jednání před soudem, podle níž ve střetu zájmů v dané věci mohl být jedině Fond, a to za předpokladu, že osoby podílející se na rozhodování byly podjaté, považuje za zcela mimoběžnou a zavádějící. V posuzované věci se po celou dobu správního řízení jedná o posouzení střetu zájmů konkrétní obchodní společnosti, která je prostřednictvím svěřenských fondů ovládána veřejným funkcionářem; tímto směrem ostatně žalobkyně od počátku soudního řízení konzistentně a detailně argumentovala ve svých písemných podáních.

IV. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

Soud shrnuje, že i po dobu existence svěřenských fondů byl Ing. A. B. ve vztahu ke společnosti Agrofert „ovládající osobou“ ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů ve znění účinném do 31. 12. 2023. K tomuto závěru soud dospěl na základě deklarovaného účelu svěřenských fondů, jímž byla především ochrana zájmů Ing. A. B., a pravidel jejich vnitřního fungování nastavených v jejich statutech, ale i s ohledem na obsazení orgánů svěřenských fondů osobami blízkými Ing. A. B. či jinak s ním spojenými. Zákaz poskytnout dotaci společnosti, v níž má veřejný funkcionář stanovený podíl, jenž je obsažen v § 4c zákona o střetu zájmů, se přitom nevztahuje jen na dotace poskytované podle zákonač. 218/2000 Sb., ale také na dotace poskytované podle zákona o SZIF. Jelikož Ing. A. B. byl v době uzavření Dohody veřejným funkcionářem ve smyslu zákona o střetu zájmů (předsedou vlády), nemohla být podle zákona o SZIF poskytnuta dotace žádné obchodní společnosti, v níž by společnost Agrofert vlastnila alespoň 25 % podíl. Takovou společností byla také žalobkyně. Rovněž bylo shledáno porušení čl. 61 Finančního nařízení, které ukládá osobám „podílejícím se na plnění rozpočtu ve sdíleném řízení, včetně přípravy na tuto činnost“ povinnost přijmout opatření k zamezení vzniku střetu zájmů či opatření k řešení již vzniklého střetu zájmů, ve vztahu k rozpočtu Unie. Obdobně jako tomu bylo u § 4c zákona o střetu zájmů, i zde bylo naplnění předmětného článku shledáno v okolnosti, že Ing. A. B. zastávající funkci předsedy vlády byl v době uzavření Dohody osobou ovládající žalobkyni. Dohoda tudíž byla uzavřena v rozporu s čl. 61 Finančního nařízení. S ohledem na tento specifický důvod nezákonnosti Dohody, jenž vyvolával legitimní obavy o funkčnosti mechanismů ochrany veřejného zájmu při poskytování dotací, neměl žalovaný jinou možnost než zrušit Dohodu zpětně ke dni jejího uzavření. Žalovaný přitom nepřekročil prekluzivní lhůtu pro zahájení přezkumného řízení, jelikož ta byla včas přerušena v důsledku oznámení úkonů týkajících se vyšetřování této finanční nesrovnalosti žalobkyni. Soud neshledal žádný z žalobních bodů důvodný, a proto žalobu podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.

O náhradě nákladů řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobkyně neměla ve věci úspěch, proto nemá právo na náhradu nákladů řízení, a žalovanému nevznikly žádné náklady nad rámec jeho obvyklé úřední činnosti, proto mu soud jejich náhradu nepřiznal.

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz. Praha 1. prosince 2025

Mgr. Gabriela Bašnáv.r. ⟪LB:lb_001⟫ předsedkyně senátu Shodu s prvopisem potvrzuje J. V.

[1] Prováděcí nařízení Komise (EU) č. 809/2014 ze 17. 7. 2014, kterým se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 1306/2013, pokud jde o integrovaný administrativní a kontrolní systém, opatření pro rozvoj venkova a podmíněnost.

[2] Nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 z 18. 12. 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství.

[3] S účinností od tohoto data jde o odstavec 2.

[4] Tato novela byla zrušena z procesních důvodů nálezem Ústavního soudu Pl. ÚS 41/23 z 4. 12. 2024.

[5] Sněmovní tiskč. 110, 9. volební období PSP ČR, dostupný z https: /www.psp.cz/sqw/historie.sqw?o=9&T=110

[6] Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU, Euratom) 2018/1046 z 18. 7. 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie, mění nařízení (EU) č. 1296/2013, (EU) č. 1301/2013, (EU) č. 1303/2013, (EU) č. 1304/2013, (EU) č. 1309/2013, (EU) č. 1316/2013, (EU) č. 223/2014 a (EU) č. 283/2014 a rozhodnutíč. 541/2014/EU a zrušuje nařízení (EU, Euratom) č. 966/2012.

[7] Nařízení Evropského parlamentu a Radyč. 966/2012 z 25. 10. 2012, kterým se stanoví finanční pravidla o souhrnném rozpočtu Unie a o zrušení nařízení Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002.

[8] Např. Štenglová, I., Havel, B., Cileček, F., Kuhn, P., Šuk, P. Zákon o obchodních korporacích. Komentář. 3. vydání. Praha: C. H. Beck, 2020; komentář k § 71 a 74 ZOK.

[9] např. rozsudky NSS ze dne 14. 1. 2025, č. j. 1 Afs 172/2024-59, ze dne 15. 1. 2025, č. j. 6 Afs 207/2024-63, ze dne 22. 1. 2025, č. j. 10 Afs 218/2024-67, nebo ze dne 27. 2. 2025, č. j. 7 Afs 201/2024-60